El templo de piedra en nombre de la Santísima Virgen fue fundado a mediados del siglo XVIII junto a la antigua iglesia de madera en la parte sur de la ciudad, a lo largo del camino hacia Irkutsk. Los fondos para la construcción fueron donados por el comerciante de primera guilda Dmitry Barabanov, y la consagración del templo tuvo lugar en 1773. Ambas iglesias poseían ricos utensilios, por ejemplo, en la iglesia de madera había un iconostasio con un gran ícono del "Juicio Final".

Inicialmente, el templo de la Virgen representaba una pequeña estructura de dos niveles con bóveda de ladrillo y cúpula octogonal. El volumen octogonal superior se apoyaba sobre una base cuadrada, lo que es característico del barroco "naryshkiniano". La atención especial se centraba en la decoración de la fachada, en particular, los marcos de las ventanas del nivel inferior con cocoshniks en forma de quilla. Los albañiles eran maestros en su oficio y utilizaban ladrillos figurados para crear patrones. Se supone que el templo fue construido por maestros de Moscú en estilo de ladrillo y originalmente no fue enlucido.

En 1862, por encargo del arzobispo Inocencio Veniaminov, la iglesia fue significativamente ampliada. Se añadió una parte de comedor estrecha en el lado oeste con capillas norte y sur, conectadas por arcos. La composición se completaba con una masiva torre de campanas de tres niveles con un alto pináculo. La decoración de las fachadas de esta parte era lacónica. La reconstrucción fue realizada con los fondos de la viuda Anna Chepalova. En 1922, durante el asedio de Yakutsk por las tropas blancas, la iglesia de madera de la Virgen fue destruida y utilizada como combustible.

En los años soviéticos, en el edificio del templo de piedra se instalaron un laboratorio para pruebas de materiales de construcción, fondos geológicos y una exposición-museo geológico. Desde 1953, allí funcionó la Estación de Rayos Cósmicos, y en 1962 el edificio fue completamente ocupado por el Instituto de Investigaciones Cosmofísicas y Aeronomía de la filial de Yakutsk de la Academia de Ciencias de la URSS. También en la iglesia se guardaba parte del fondo de la biblioteca científica.

En 1997, el templo fue entregado a la diócesis de Yakutsk, pero solo en mayo de 2004 los laboratorios desocuparon las instalaciones. Con la bendición del obispo Zosima, cada domingo el protoiereo Mikhail Pavlov y los fieles leían un akathist a la Madre de Dios en el edificio en ruinas. Para noviembre de 2009 se logró restaurar el aspecto exterior de la iglesia, y en diciembre tuvo lugar el primer servicio religioso en una de las capillas laterales. En la capilla central se planea instalar el iconostasio sobreviviente de la iglesia de Juan Bautista, que se encuentra en restauración en Nizhni Nóvgorod. Allí también se fabricaron dos iconostasios tallados y dorados para las capillas laterales, que el obispo Roman consagró el 14 de octubre de 2013. Es interesante que la iglesia que compartió el iconostasio ya no existe, en su lugar se encuentra el hotel "Estrella Polar".