La première église du village de Pektoubaïevo, dans le district de Yaran de la province de Viatka, en bois et avec un seul autel, a été construite en 1734 et consacrée en l'honneur de la Nativité du Christ. Le temple en pierre a été construit en 1820 grâce aux fonds des paroissiens avec la bénédiction de l'évêque de Viatka, Amvrosiy Vyshizerov. Dans les années 1870, des autels ont été consacrés dans l'église en l'honneur de la Nativité du Christ (20 octobre 1862), du prophète Élie (actif depuis les années 1820) et de la Protection de la Sainte Vierge (9 octobre 1863). En 1915, le temple était associé à des chapelles en l'honneur de la Nativité de la Sainte Vierge, de la Descente du Saint-Esprit sur les apôtres, de saint Nicolas le Thaumaturge, des martyrs Flor et Lavr, du grand martyr Georges le Victoreux et des saints égaux aux apôtres Constantin et Hélène. Le personnel de l'église comprenait 3 prêtres, un diacre et 3 psalmistes. La paroisse comprenait une école paroissiale à Pektoubaïevo, une école du ministère de l'Éducation à Kouglanour et 7 écoles rurales dans les villages environnants.

À l'époque soviétique, le clergé et les croyants du temple ne soutenaient pas le rénovatisme, dans les années 1930, ils faisaient partie du vicariat mari de l'évêché de Nijni Novgorod. Le prêtre Nikolai Titovitch Ignatiev, qui a servi à Pektoubaïevo pendant plus de 40 ans, s'efforçait de protéger son troupeau des erreurs. Il a été arrêté le 26 avril 1938 et accusé de participation à une organisation contre-révolutionnaire, d'agitation anti-collectiviste et de diffusion de rumeurs sur la chute imminente du pouvoir soviétique. Le 25 septembre 1938, lors d'une réunion de la troïka du NKVD pour la RSSA de Mari, il a été condamné à mort, peine qui a été exécutée le 27 septembre à 20 heures.

Le diacre Mikhaïl Nikolaïevitch Favoriski, ordonné en 1922, a également défendu la paroisse, convainquant les croyants de protester contre le retrait des cloches en 1935 et la fermeture du temple en 1936. Le 31 octobre 1938, il a été arrêté et placé dans la prison de Yoshkar-Ola. Lors des interrogatoires et confrontations, il a rejeté les fausses accusations. Cependant, le 26 janvier 1939, il a été condamné à 10 ans de prison, et son sort ultérieur est inconnu.

L'église de Pektoubaïevo a été fermée le 13 septembre 1936 et utilisée comme club, puis comme maison de culture rurale et bibliothèque. La paroisse de Pektoubaïevo a été rétablie en 2004, et la première liturgie a eu lieu la même année. En 2008, le bâtiment du temple a été entièrement restitué aux croyants, et depuis, il est en cours de rénovation. Un événement important a été la rénovation complète du toit il y a quatre ans.