La primera iglesia en el pueblo de Pektubaevo, del distrito de Yarán en la provincia de Viatka, fue construida en 1734 y consagrada en honor a la Natividad de Cristo. El templo de piedra fue edificado en 1820 con los fondos de los feligreses y con la bendición del obispo de Viatka, Amvrosio Vysezerov. Para la década de 1870, se consagraron altares en la iglesia en honor a la Natividad de Cristo (20 de octubre de 1862), el profeta Elías (que funcionó desde la década de 1820) y la Protección de la Santísima Virgen María (9 de octubre de 1863). En 1915, la iglesia contaba con capillas en honor a la Natividad de la Santísima Virgen María, la Descensión del Espíritu Santo sobre los apóstoles, San Nicolás el Milagroso, los mártires Flora y Lavra, San Jorge el Victorioso y los santos igual a los apóstoles Constantino y Elena. El personal de la iglesia incluía 3 sacerdotes, un diácono y 3 salmistas. En la parroquia había una escuela parroquial en Pektubaevo, una escuela del Ministerio de Educación en Kuglanur y 7 escuelas rurales en los pueblos cercanos.

Durante la época soviética, el clero y los creyentes de la iglesia no apoyaron el renovacionismo; en la década de 1930, formaron parte del vicariato mariyense de la diócesis de Nizhni Nóvgorod. El protodiácono Nikolai Titovich Ignatiev, que sirvió en Pektubaevo durante más de 40 años, se esforzó por proteger a su rebaño de los errores. Fue arrestado el 26 de abril de 1938 y acusado de participar en una organización contrarrevolucionaria, de agitación anticoljós y de difundir rumores sobre la inminente caída del poder soviético. El 25 de septiembre de 1938, en una reunión del trío del NKVD de la RSSA de Mari, fue condenado a muerte, que se ejecutó el 27 de septiembre a las 20 horas.

El diácono Mikhail Nikolaevich Favorovsky, ordenado en 1922, también defendió la parroquia, convenciendo a los creyentes de protestar contra la retirada de las campanas en 1935 y el cierre de la iglesia en 1936. El 31 de octubre de 1938 fue arrestado y encarcelado en la prisión de Yoshkar-Ola. En los interrogatorios y confrontaciones, rechazó las falsas acusaciones. Sin embargo, el 26 de enero de 1939 fue condenado a 10 años de prisión, y su destino posterior es desconocido.

La iglesia de Pektubaevo fue cerrada el 13 de septiembre de 1936 y utilizada como club, luego como casa de cultura rural y biblioteca. La parroquia en Pektubaevo fue reactivada en 2004, y ese mismo año se llevó a cabo el primer servicio religioso. En 2008, el edificio de la iglesia fue devuelto completamente a los creyentes, y desde entonces ha estado en proceso de reparación. Un evento importante fue la renovación completa del techo hace cuatro años.