Le premier bâtiment en pierre de l'église a été érigé au XVIIe siècle. La construction du bâtiment actuel est liée aux événements de la guerre patriotique de 1812. À l'occasion de la fête de la Protection en 1812, il est devenu évident que Kolomna n'était plus menacée par l'occupation ennemie. En l'honneur de cet événement, les habitants de la ville ont organisé une procession. En 1813 et 1828, grâce aux efforts des paroissiens et des marchands Philipp, Kyprian et Kirill Maksimovitch Kislov, une nouvelle église a été construite, qui est devenue un monument de la victoire sur Napoléon. Au début du XXe siècle, une maison de clergé dans le style Art nouveau a été érigée à côté de l'église. À la fin des années 1930, les services religieux dans l'église ont cessé, après quoi les étages supérieurs du clocher et le tambour ont été détruits, et l'intérieur a été pillé. En 1996, les services religieux ont repris, et d'ici 2006, le tambour et la coupole ont été restaurés.

L'église de la Protection est un temple sans colonnes dans le style du classicisme mûr. Le carré de l'église soutient une massive rotonde à dôme. Une salle à manger à deux autels, couverte d'une voûte en croix, est adjacente à l'église. La rotonde est ornée de pilastres jumelés avec des chapiteaux corinthiens en stuc.