El primer edificio de piedra de la iglesia fue erigido en el siglo XVII. La construcción del edificio actual está relacionada con los eventos de la Guerra Patriótica de 1812. Para la festividad de la Intercesión en 1812, se hizo evidente que Kolomna ya no estaba amenazada por la ocupación enemiga. En honor a este evento, los habitantes de la ciudad organizaron una procesión. En 1813 y 1828, gracias a los esfuerzos de los feligreses y los comerciantes Filipp, Kiprián y Kiril Maksimovich Kislov, se construyó una nueva iglesia, que se convirtió en un monumento a la victoria sobre Napoleón. A principios del siglo XX, se erigió una casa para el clero junto a la iglesia en estilo modernista. A finales de la década de 1930, los servicios religiosos en la iglesia se detuvieron, tras lo cual se destruyeron los niveles superiores del campanario y el tambor, y el interior fue saqueado. En 1996, se reanudaron los servicios religiosos, y para 2006 se restauraron el tambor y la cúpula.

La Iglesia de la Intercesión es un templo sin columnas en estilo de clasicismo maduro. El cuadrado de la iglesia sostiene una masiva rotonda con cúpula. A la iglesia se adosa un comedor de dos altares, cubierto por un sistema de bóvedas de arista. La rotonda está decorada con pilastras dobles con capiteles corintios de yeso.