L'église de la Protection de la Vierge, située à côté de l'église de la Transfiguration du Sauveur et formant avec elle un ensemble unique, a été construite 50 ans après son "voisin". Sa construction a commencé en 1694, peu après un incendie qui a détruit les précédentes églises du site de Kiji. Cependant, au siècle suivant, en 1764, l'église a subi une importante reconstruction, acquérant ses formes et proportions modernes. Les artisans ont cherché à créer un bâtiment qui s'harmonise avec l'église principale du site de Kiji, la Transfiguration, sans lui faire ombrage et sans se perdre dans son ombre.

Dans les années 1860, lors de réparations, l'église de la Protection a été recouverte de bardeaux, qui n'ont été enlevés qu'à la fin des années 1950 grâce à une restauration réalisée selon le projet du restaurateur moscovite A. V. Opolovnikov. En 1865, l'église a perdu sa chapelle de Nicolas, qui a été démolie en raison de l'exiguïté. La partie principale de l'église est un octogone sur un carré, couvert d'un toit à huit pentes avec de petites coupoles sur de petits octogones. Huit petites coupoles sont regroupées autour d'une neuvième plus grande, ce qui donne à l'édifice l'apparence d'une couronne. Cet octogone sur un carré unit en un seul complexe l'autel avec une coupole supplémentaire, la salle de banquet, le vestibule et le porche.

Depuis le XVIIe siècle, lorsque l'activité locale s'est intensifiée en Russie et que l'administration locale s'est renforcée, les salles de banquet sont devenues presque une partie obligatoire des églises d'hiver. Dans la salle de banquet de l'église de la Protection, où se rassemblaient les habitants du site, des affaires urgentes étaient discutées, des procès étaient tenus, des décrets royaux et des ordres de gouverneurs étaient annoncés, et des fonctionnaires étaient élus. Plus tard, des cours de l'école paroissiale s'y tenaient. Le long des murs de la salle de banquet se trouvent des bancs, et dans les coins, des poêles. Dans le vestibule se trouve actuellement une petite exposition consacrée à l'insurrection de Kiji de 1769-1771. Le porche de l'église, par sa construction et ses détails décoratifs, rappelle les porches des maisons paysannes, se distinguant par sa simplicité et son expressivité. Beaucoup de choses rapprochent cette église des constructions civiles : la maçonnerie en rondins "en oblo", le haut sous-sol et le toit sans clous avec des gouttières, des pignons et un torchon. L'intérieur de l'église a été modifié à plusieurs reprises.

La rénovation de 1903 a été particulièrement significative, lorsque les murs de l'église ont été plâtrés et peints à l'huile, la partie inférieure imitant un socle en marbre. À cette époque, les plafonds ont également été plâtrés, ornés de corniches en stuc. Les fenêtres ont été agrandies, et le mur séparant la salle de banquet de la salle de l'église a été presque entièrement découpé. Dans les années 1950, les intérieurs de l'église ont été restaurés selon le projet d'A. V. Opolovnikov et ont en grande partie retrouvé leur apparence initiale, mais il n'a pas été possible de se débarrasser complètement des traces de plâtre : elles sont encore visibles aujourd'hui.

La recréation de l'intérieur dans les années 1960 a été réalisée par Galina Ivanovna Frolova, chercheuse au musée-réserve "Kiji", artiste-restauratrice de peinture à tempera et de la collection d'icônes du musée. L'iconostase de l'église est assemblée, composée en 1956-1959 d'icônes de l'écriture zaonézhienne des XVIIe-XIXe siècles. Aujourd'hui, dans l'église d'hiver de la Protection de la Vierge, se trouve un iconostase à quatre rangées, reconstruit par Opolovnikov sur la base d'un schéma élaboré en 1948 par V. G. Brioussova Svetlichnaia. Les plus anciennes icônes, datées de la seconde moitié du XVIIe siècle, ont été sélectionnées pour l'iconostase à partir de la "collection de Kiji", composée d'icônes zaonézhiennes exportées en Finlande pendant les années d'occupation. L'iconostase original n'a pas été conservé, il est seulement connu qu'il était également à tabeau. L'église abrite une petite exposition "Peinture ancienne russe de Carélie" provenant des fonds du musée-réserve "Kiji". La hauteur de l'église est de 26 m, sa longueur totale est de 32 m, et sa largeur est de 8 m. Les matériaux utilisés sont le pin et le tremble.

Actuellement, l'église de la Protection est utilisée conjointement par l'Église orthodoxe russe et le musée. Auparavant, l'église "d'hiver" était chauffée, et des services y étaient célébrés du 1er octobre jusqu'à Pâques. Les offices sont à nouveau célébrés en été depuis 1997.