La iglesia de la Intercesión de la Santísima Virgen, situada junto a la iglesia de la Transfiguración de Cristo y formando con ella un único conjunto, fue construida 50 años después de su "vecina". Su construcción comenzó en 1694, poco después del incendio que destruyó las iglesias anteriores del pósito de Kizhi. Sin embargo, en el siguiente siglo, en 1764, la iglesia sufrió una importante remodelación, adquiriendo sus formas y proporciones modernas. Los maestros se esforzaron por crear una estructura que armonizara con la iglesia principal del pósito de Kizhi, la de la Transfiguración de Cristo, sin cederle en esplendor y sin perderse en su fondo.

En la década de 1860, durante una reparación, la iglesia de la Intercesión fue revestida con tablones, que fueron retirados solo a finales de la década de 1950 gracias a la restauración realizada según el proyecto del restaurador moscovita A. V. Opolovnikov. En 1865, la iglesia perdió su capilla de Nicolás, que fue desmantelada debido a la falta de espacio. La parte principal de la iglesia es un octógono sobre un cuadrado, cubierto con un techo a ocho aguas con pequeñas cúpulas sobre pequeños octógonos. Ocho cúpulas están agrupadas alrededor de una novena más grande, lo que le da a la iglesia la apariencia de una corona o un cetro. Este octógono sobre un cuadrado une en un solo complejo el altar con una cúpula adicional, el refectorio, el vestíbulo y el porche.

Desde el siglo XVII, cuando la actividad local se intensificó en Rusia y se fortaleció la autogobernanza local, los refectorios se convirtieron en una parte casi obligatoria de las iglesias de invierno. En el refectorio de la iglesia de la Intercesión, donde se reunían los habitantes del pósito, se discutían asuntos urgentes, se llevaban a cabo juicios, se proclamaban decretos reales y de voivodas, y se elegían funcionarios. Más tarde, aquí se llevaban a cabo clases de la escuela parroquial. A lo largo de las paredes del refectorio hay bancos, y en las esquinas, hornos. En el vestíbulo hay actualmente una pequeña exposición dedicada a la revuelta de Kizhi de 1769-1771. El porche de la iglesia, por su construcción y detalles decorativos, recuerda a los porches de las casas campesinas, destacándose por su simplicidad y expresividad. Muchas cosas unen esta iglesia con las construcciones civiles: la mampostería de troncos "en plano", el alto sótano y el techo sin clavos con flujos, aleros y toallas. La decoración interior de la iglesia ha cambiado en varias ocasiones.

Particularmente significativo fue la renovación de 1903, cuando las paredes de la iglesia fueron enlucidas y pintadas con pintura al óleo, imitando un zócalo de mármol en la parte inferior. En ese momento, también se enlucieron los techos, decorándolos con cornisas de yeso. Las ventanas se ampliaron, y la pared que separaba el refectorio del espacio de la iglesia fue casi completamente cortada. En la década de 1950, los interiores de la iglesia fueron restaurados según el proyecto de A. V. Opolovnikov y en gran medida recuperaron su apariencia original, sin embargo, no se logró deshacerse completamente de los rastros del enlucido: son visibles incluso ahora.

La recreación del interior en la década de 1960 fue llevada a cabo por Galina Ivanovna Frolova, investigadora del museo-reserva "Kizhi", artista restauradora de pintura al temple y colección de íconos del museo. El iconostasio en la iglesia es desmontable, compuesto entre 1956 y 1959 de íconos del estilo zaonezh de los siglos XVII-XIX. Hoy en día, en la iglesia de invierno de la Intercesión de la Virgen se encuentra un iconostasio de cuatro filas, reconstruido por Opolovnikov sobre la base de un esquema desarrollado en 1948 por V. G. Bryusova Svetlichnaya. Los íconos más antiguos, datados de la segunda mitad del siglo XVII, fueron seleccionados para el iconostasio de la "Colección de Kizhi", compuesta de íconos zaonezh que fueron llevados a Finlandia durante la ocupación. El iconostasio original no se ha conservado, solo se sabe que también era de tipo tábula. En la iglesia hay una pequeña exposición "Pintura antigua rusa de Carelia" de los fondos del museo-reserva "Kizhi". La altura de la iglesia es de 26 m, la longitud total es de 32 m, y el ancho es de 8 m. Los materiales son pino y álamo.

Actualmente, la iglesia de la Intercesión es utilizada conjuntamente por la Iglesia Ortodoxa Rusa y el museo. Anteriormente, la iglesia "de invierno" se calentaba, y los servicios se celebraban desde el 1 de octubre hasta la Pascua. Los servicios religiosos se llevan a cabo nuevamente en verano desde 1997.