L'église de la Protection de la Mère de Dieu à la Montagne Rouge a été fondée peu après la création de l'éparchie de Veliky Ustyug en 1687. Les paysans vivant à proximité et étant des paroissiens du monastère féminin de Jean-Baptiste ont souhaité avoir leur propre église paroissiale. En 1687, ils ont demandé à obtenir l'ancien temple en bois de la cathédrale de Jean, qui était déjà en mauvais état et devait être démoli. Avec la bénédiction de l'archevêque d'Ustyug et de Totma, Alexandre, un temple a été construit à la Montagne Rouge au nom de la Protection de la Mère de Dieu, qui a été établi le 26 avril 1687 et consacré le 27 juin de la même année.

En 1702, avec la bénédiction de l'archevêque de Veliky Ustyug et de Totma, Joseph, une église en bois froide au nom de Tous les Saints a été érigée près de l'église de la Protection de la Montagne Rouge. En 1715, à l'emplacement de l'église en bois chaude de la Protection, avec la bénédiction du même archevêque, une église en pierre a été construite, consacrée le 11 septembre de la même année. En 1768, la construction d'un temple en pierre a commencé à la place de l'église en bois délabrée au nom de Tous les Saints, avec la bénédiction de l'évêque de Veliky Ustyug et de Totma, Jean. La construction a duré douze ans grâce aux fonds des paroissiens et du marchand Grigori Zakharov, et l'église en pierre a été consacrée le 10 juin 1780 par l'évêque Jean. En 1778, sur le côté nord de l'église chaude de la Protection, une chapelle au nom des Saints martyrs Flor et Lavr a été ajoutée, consacrée le 26 novembre 1779 par le protodiacre de la cathédrale de l'Assomption, Athanase Vassiliev. Le clocher de l'église a été construit en 1779. L'église chaude au nom de la Protection de la Très Sainte Mère de Dieu avait deux dômes : un grand sur le temple principal et un petit au-dessus de la chapelle de Flor et Lavr.