Auparavant, à l'emplacement de l'église en pierre se trouvait une église en bois dédiée à Nicolas de Zaraysk avec une chapelle de Paraskéva de Vendredi, construite en 1566. Cette église en bois a brûlé lors d'un incendie en 1579, qui a détruit une partie de la ville près du Kremlin et toute la partie nord-est de la ville.

L'église en pierre dans sa forme actuelle a été construite en 1728 grâce aux fonds du marchand Ivan Afanassievitch Mikliaev pour les ouvriers de la manufacture de draps. Le maître-autel a été consacré en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur, le droit en l'honneur de Gouri, Varsanofe et Herman, saints de Kazan, et le gauche, en l'honneur de Paraskéva de Vendredi. Cependant, l'église a conservé l'ancien nom en l'honneur de l'église en bois qui existait auparavant.

L'église servait de centre pour une petite paroisse qui était rattachée au monastère de la Mère de Dieu de Kazan. Les paroissiens étaient principalement pauvres, et le monastère apportait une aide significative à l'église. L'église a brûlé à plusieurs reprises lors d'incendies urbains jusqu'au début du XIXe siècle, et plusieurs fois il ne restait que les murs.

Après l'incendie de 1815, l'église a été longtemps restaurée. La chapelle de droite a été consacrée en 1821, le maître-autel a été restauré en 1831 et renommé en l'honneur de la Nativité de la Sainte Mère de Dieu. La vieille chapelle de Vendredi a été démolie et reconstruite en 1855, probablement selon le projet de l'architecte F. I. Petondi. La chapelle de droite en l'honneur des trois saints de Kazan n'a pas survécu jusqu'à nos jours.

En 1923 et 1937, l'église a été utilisée comme cathédrale des « rénovateurs », remplaçant la cathédrale de l'Annonciation dans le Kremlin de Kazan. En 1937, l'église a été fermée et transformée en prison pour les détenus attendant d'être envoyés dans des camps. Des exécutions de peine de mort y ont également été réalisées, et les exécutés ont été enterrés sur le territoire de l'église.

La prison de l'église de Vendredi a été mentionnée dans ses mémoires par la mère de l'écrivain V. P. Akseonov, E. S. Ginzburg. Dans les années 1950, le clocher a été démoli, et l'église est tombée en ruine. Dans les années 1980, des réparations cosmétiques ont été effectuées.

En 1993, l'église a été transférée au ministère de la Culture de la République du Tatarstan, et des travaux de restauration ont commencé pour créer un musée d'icônes. Dans la seconde moitié des années 1990, l'église a été restituée à l'Éparchie de Kazan de l'Église orthodoxe russe, et une paroisse tchouvache y a été établie. Les premiers bienfaiteurs et donateurs étaient issus de la diaspora tchouvache de Kazan et du Tatarstan.

En 2000, le clocher a été restauré, et en 1999 et 2001, un bâtiment administratif a été construit. Avec la bénédiction de l'archevêque de Kazan et du Tatarstan, Anastase Metkine, l'iconostase a été peinte en rouge, couleur du martyre. Le 10 novembre 2000, l'autel a été consacré en l'honneur de la sainte grande martyre Paraskéva de Vendredi, et le 21 septembre 2002, la chapelle en l'honneur de la Nativité de la Mère de Dieu.

En septembre 2004, une école du dimanche a été ouverte près de l'église, et en septembre 2010, une bibliothèque paroissiale a commencé à fonctionner. Le 28 juin 2008, la chapelle « Toute Reine » a été consacrée, construite sur le territoire du complexe de l'église. Elle abrite l'icône de la Mère de Dieu « Toute Reine », qui est associée à la guérison des maladies oncologiques. La chapelle est située en face du dispensaire oncologique, afin que chaque patient puisse adresser ses prières à la Sainte Mère de Dieu. Chaque jour, un service est célébré devant l'icône pour la guérison des malades du cancer et pour la santé de tous ceux qui souffrent.

Depuis 2011, l'église est rattachée au monastère masculin de la Mère de Dieu de Kazan, situé à proximité.