Au XVIIe siècle, le territoire derrière l'Arbat, adjacent à la rivière Moskva, est devenu un important centre de construction. Ici se trouvait la cour de bois de l'État, où étaient fabriqués des troncs pour des bâtiments en bois. La proximité de la rivière avait une signification particulière, car c'est par elle que le bois de chauffage et le bois de construction étaient livrés. Dans ce quartier s'est formé un faubourg de charpentiers, qui sont probablement devenus les paroissiens de la première église en bois dédiée à saint Nicolas le Miracleux, mentionnée pour la première fois en 1649. Plus tard, en 1668, parmi les donateurs de l'église, on mentionnait des cuisiniers royaux, des boulangers et des gardiens. En 1686, sur ordre du patriarche Joakim, la construction de l'église en pierre de Nicolas a commencé, dont la majeure partie a été conservée jusqu'à nos jours.

L'architecture de l'église est typique du XVIIe siècle : elle s'étend d'ouest en est, commençant par le clocher et la salle de repas, et se terminant par le volume principal avec des saillies d'autel. Cependant, les façades sont décorées dans le style baroque de Narychkine : les encadrements sont ornés de « frontons déchirés », les angles sont accentués par des colonnes triples, et un rebord passe sous les kokoshniks. Les coupoles de l'église sont surmontées de grandes croix, dont la centrale est couronnée, symbolisant l'attention de la dynastie des Romanov, qui a contribué à l'église de Nicolas aux Écorces.

En plus de la chapelle des apôtres Pierre et Paul, depuis 1773, il y avait une autre chapelle dans la salle de repas, au nom des saints Siméon et Anne, créée grâce aux fonds d'une résidente locale, Anna Ivanova. Après l'occupation française de Moscou en 1812, lorsque l'église a souffert du feu et du pillage, le bâtiment a été partiellement reconstruit. À l'intérieur, il y avait un iconostase de la fin du XVIIe siècle, correspondant à l'époque de la construction de l'église en pierre.

Au début du XXe siècle, l'église de saint Nicolas le Miracleux aux Écorces était connue à Moscou. En 1908, y a eu l'enterrement du père Valentin Amphithéatrov, ancien recteur de la cathédrale de l'Assomption au Kremlin. Cependant, après la révolution, l'église a connu un triste sort : fermée dans les années 1930, elle a perdu ses coupoles et le sommet du clocher, les façades ont été crépies, les intérieurs détruits, et l'espace intérieur divisé en étages. Le bâtiment, surélevé et reconstruit, a complètement perdu son apparence historique, se transformant en atelier de l'union « Gravure artistique ». Ce n'est qu'aux années 1970 que le nettoyage des façades a montré que la décoration du XVIIe siècle avait été conservée sous le crépi. En 1994, le bâtiment a été remis à la communauté religieuse, après quoi une longue restauration a commencé, achevée en 2008. Aujourd'hui, l'église de Nicolas aux Écorces a retrouvé son apparence historique.