Im 17. Jahrhundert wurde das Gebiet hinter dem Arbat, das an die Moskwa grenzte, zu einem wichtigen Bauzentrum. Hier befand sich der staatliche Holzschuppen, wo die Rahmen für Holzgebäude hergestellt wurden. Die Nähe des Flusses war von besonderer Bedeutung, da Holz und Bauholz über ihn geliefert wurden. In diesem Gebiet entstand eine Siedlung von Zimmerleuten, die wahrscheinlich die ersten Gläubigen der ersten hölzernen Kirche zu Ehren des heiligen Nikolaus von Myra wurden, die erstmals 1649 erwähnt wurde. Später, im Jahr 1668, wurden unter den Spendern des Tempels königliche Köche, Bäcker und Wächter erwähnt. 1686 begann auf Anordnung des Patriarchen Joakim der Bau der steinernen Nikolauskirche, deren Hauptteil bis heute erhalten geblieben ist.

Die Architektur des Tempels ist typisch für das 17. Jahrhundert: Er erstreckt sich von Westen nach Osten, beginnend mit dem Glockenturm und dem Speisesaal und endend mit dem Hauptvolumen mit Altarvorsprüngen. Die Fassaden sind jedoch im Stil des Naryschkin-Barocks gestaltet: Die Fensterrahmen sind mit „zerrissenen Giebeln“ verziert, die Ecken sind durch dreifache Säulen hervorgehoben, und unter den Kokoschniks verläuft ein Gesims. Die Kuppeln des Tempels sind mit großen Kreuzen gekrönt, das zentrale davon wird von einer Krone abgeschlossen, die die Aufmerksamkeit der Romanow-Dynastie symbolisiert, die in die Kirche Nikolaus auf den Schöppen investierte.

Neben dem Altar der Apostel Petrus und Paulus gab es seit 1773 im Speisesaal einen weiteren Altar zu Ehren der Heiligen Simeon und Anna, der mit Mitteln der einheimischen Bewohnerin Anna Ivanova geschaffen wurde. Nach der französischen Besetzung Moskaus im Jahr 1812, als der Tempel durch Feuer und Plünderungen beschädigt wurde, wurde das Gebäude teilweise umgebaut. In den Innenräumen gab es einen Ikonostase aus dem späten 17. Jahrhundert, der der Zeit des Baus der steinernen Kirche entsprach.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war die Kirche des heiligen Nikolaus von Myra auf den Schöppen in Moskau bekannt. 1908 fand hier die Beerdigung von Vater Valentin Amphiteatrov, dem ehemaligen Vorsteher der Uspenski-Kathedrale im Kreml, statt. Doch nach der Revolution erlebte der Tempel ein trauriges Schicksal: In den 1930er Jahren geschlossen, verlor er seine Kuppeln und den Abschluss des Glockenturms, die Fassaden wurden verputzt, die Innenräume zerstört und der Innenraum in Etagen unterteilt. Das Gebäude, das aufgestockt und umgebaut wurde, verlor vollständig sein historisches Erscheinungsbild und verwandelte sich in eine Fabrikhalle des Verbands „Künstlerischer Druck“. Erst in den 1970er Jahren zeigte die Reinigung der Fassaden, dass der Dekor des 17. Jahrhunderts unter dem Putz erhalten geblieben war. 1994 wurde das Gebäude der Kirchengemeinde übergeben, woraufhin eine lange Restaurierung begann, die 2008 abgeschlossen wurde. Heute hat die Kirche Nikolaus auf den Schöppen ihr historisches Erscheinungsbild zurückerhalten.