En el siglo XVII, el territorio detrás de Arbat, adyacente al río Moscú, se convirtió en un importante centro de construcción. Aquí se encontraba el patio de leña del Estado, donde se fabricaban troncos para edificios de madera. La proximidad del río tenía un significado especial, ya que por él se transportaban leña y madera de construcción. En esta área se formó un barrio de carpinteros, que probablemente se convirtieron en feligreses de la primera iglesia de madera en honor a San Nicolás el Milagroso, mencionada por primera vez en 1649. Más tarde, en 1668, entre los donantes del templo se mencionaban cocineros reales, panaderos y vigilantes. En 1686, por orden del patriarca Joaquín, comenzó la construcción de la iglesia de piedra de Nicolás, cuya parte principal se ha conservado hasta nuestros días.

La arquitectura del templo es típica del siglo XVII: es alargado de oeste a este, comenzando con el campanario y la sala de comidas, y terminando con el volumen principal con salientes en el altar. Sin embargo, las fachadas están decoradas en el estilo del barroco naryshkin: los marcos están adornados con "frontones desgarrados", las esquinas están destacadas por columnas triples, y bajo los kokoshniks pasa un borde. Las cúpulas del templo están coronadas con grandes cruces, siendo la central rematada con una corona, simbolizando la atención de la dinastía Romanov, que hizo contribuciones a la iglesia de Nicolás en Shchepakh.

Además de la capilla de los apóstoles Pedro y Pablo, desde 1773 había otra capilla en la sala de comidas, en honor a los santos Simeón y Ana, creada con los fondos de la residente local Anna Ivanova. Después de la ocupación francesa de Moscú en 1812, cuando el templo sufrió daños por el fuego y saqueos, el edificio fue parcialmente reconstruido. En los interiores existía un iconostasio de finales del siglo XVII, correspondiente a la época de construcción de la iglesia de piedra.

A principios del siglo XX, la iglesia de San Nicolás el Milagroso en Shchepakh era conocida en Moscú. En 1908, aquí se realizó el funeral del padre Valentín Amfiteatrov, ex rector de la catedral de la Asunción en el Kremlin. Sin embargo, después de la revolución, el templo sufrió un triste destino: cerrado en la década de 1930, perdió sus cúpulas y la parte superior del campanario, las fachadas fueron enlucidas, los interiores destruidos y el espacio interno dividido en pisos. El edificio, ampliado y reconstruido, perdió completamente su apariencia histórica, convirtiéndose en un taller de la unión "Grabado Artístico". Solo en la década de 1970, la limpieza de las fachadas mostró que la decoración del siglo XVII se había conservado bajo el yeso. En 1994, el edificio fue entregado a la comunidad religiosa, tras lo cual comenzó una larga restauración, que finalizó en 2008. Hoy, a la iglesia de Nicolás en Shchepakh se le ha devuelto su apariencia histórica.