Ce temple était le deuxième des églises paroissiales construites dans la ville blanche. Son nom indique un lien étroit avec le commerce astrakhanais et la cour des marchands à Astrakhan. Saint Nicolas le Miracleux, patron du commerce et de la navigation, était particulièrement vénéré parmi les commerçants, ce qui a contribué à l'édification de l'église en son honneur près de la cour des marchands russes et des quais fluviaux, où le déchargement et l'embarquement des marchandises se faisaient activement. La date exacte de la construction de l'église originale est inconnue, mais on peut affirmer qu'elle a été érigée peu après l'apparition de la cour des marchands à Astrakhan. Le chroniqueur rapporte qu'en 1599, lors d'un incendie, les cours des marchands, y compris russe, ouzbek et gilani, ont brûlé, ce qui confirme l'existence de la cour des marchands à la fin du XVIe siècle. Il est probable que la première église en bois dédiée à Nicolas ait été construite au début du XVIIe siècle, et la première mention de celle-ci date de 1628.

Au début du XVIIIe siècle, la construction d'une nouvelle église en pierre a commencé. Le métropolite Sampson, initiateur de la construction, a convaincu les marchands astrakhanais de financer cette œuvre pieuse. Bien que le métropolite ne soit pas arrivé à voir l'achèvement des travaux, les travaux principaux étaient terminés à sa mort en 1714. Sous son successeur, l'évêque Joakim, le 5 novembre 1714, le chapelle gauche a été consacrée en l'honneur du Grand Martyr Georges. Les travaux ont continué longtemps, et ce n'est que le 23 juin 1721 que l'autel principal au nom de Saint Nicolas a été consacré, probablement en lien avec la visite prévue de l'empereur Pierre Ier à Astrakhan en 1722. Le gouverneur Artemy Volynsky s'efforçait de mettre la ville en ordre avant l'arrivée de l'empereur. En juin 1755, dans la salle à manger de l'église, un chapelle a été aménagée à droite en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Consolation de tous ceux qui sont dans la tristesse » selon le vœu de Mikhail Fyodorovich Gnevashov. La même année, le 12 novembre, la chapelle a été consacrée par l'archimandrite Aaron. Avec le temps, l'église a été reconstruite et rénovée plusieurs fois.

En 1971, l'exécutif du conseil municipal d'Astrakhan, se référant à un rapport sur l'état technique du bâtiment de l'église, réalisé par l'ingénieur O.K. Bar-Ramensky, et tenant compte de l'état d'urgence des structures, a décidé de permettre à l'administration régionale du commerce de démolir le bâtiment de l'ancienne église Nicolas sur la rue Khalturina. Dans le rapport du conseil municipal, il y avait beaucoup de mensonges, car l'ingénieur Bar-Ramensky insistait pour que l'église soit préservée lors de la rénovation. L'église aurait pu tenir encore longtemps, si la construction d'un centre commercial avec un restaurant n'était pas prévue à sa place. La destruction de l'église a été longue, les murs massifs résistaient difficilement. Les croyants astrakhanais ramassaient des morceaux de plâtre avec des peintures, qu'ils emportaient chez eux comme des reliques. En 1974, il ne restait plus aucune trace de l'église.

L'église de Nicolas le Miracleux est devenue la dernière des églises orthodoxes détruites sous le régime communiste. Maintenant, à sa place se trouve un bâtiment moderne d'un supermarché central en verre et en béton.