Dieser Tempel war die zweite der Pfarrkirchen, die in der Weißen Stadt erbaut wurden. Sein Name weist auf die enge Verbindung mit dem Astrachaner Kaufmannstum und dem Handelsgästebereich in Astrachan hin. Der heilige Nikolaus, der Schutzpatron des Handels und der Seefahrt, genoss unter den Händlern besondere Verehrung, was zum Bau der Kirche zu seinen Ehren in der Nähe des Russischen Handelsgästebereichs und der Flusshäfen beitrug, wo aktiv Waren entladen und verladen wurden. Der genaue Zeitpunkt des Baus der ursprünglichen Kirche ist unbekannt, aber man kann behaupten, dass sie kurz nach dem Erscheinen des Handelsgästebereichs in Astrachan errichtet wurde. Der Chronist berichtet, dass 1599 während eines Brandes die Handelsgästebereiche, einschließlich des russischen, bucharischen und gilyanischen, verbrannten, was die Existenz des Handelsgästebereichs Ende des 16. Jahrhunderts bestätigt. Wahrscheinlich wurde die erste hölzerne Nikolauskirche zu Beginn des 17. Jahrhunderts erbaut, und die erste Erwähnung datiert auf das Jahr 1628.

Zu Beginn des 18. Jahrhunderts begann der Bau einer neuen Steinkirche. Der Metropolit Sampson, der Initiator des Baus, überzeugte die Astrachaner Kaufleute, dieses fromme Werk zu finanzieren. Obwohl der Metropolit den Abschluss des Baus nicht erlebte, wurden die Hauptarbeiten bis zu seinem Tod im Jahr 1714 abgeschlossen. Unter seinem Nachfolger, Bischof Joakim, wurde am 5. November 1714 die linke Kapelle zu Ehren des heiligen Georg geweiht. Weitere Arbeiten zogen sich lange hin, und erst am 23. Juni 1721 wurde der Hauptaltar im Namen des heiligen Nikolaus geweiht, möglicherweise im Zusammenhang mit dem geplanten Besuch von Kaiser Peter I. in Astrachan im Jahr 1722. Der Gouverneur Artemij Wolynski bemühte sich, die Stadt zur Ankunft des Kaisers in Ordnung zu bringen. Im Juni 1755 wurde in der Sakristei der Kirche auf der rechten Seite eine Kapelle zu Ehren des Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ auf das Gelübde von Michail Fjodorowitsch Gnevaschew eingerichtet. Im selben Jahr wurde die Kapelle am 12. November von Archimandrit Aaron geweiht. Im Laufe der Zeit wurde die Kirche mehrmals umgebaut und renoviert.

Im Jahr 1971 beschloss das Exekutivkomitee des Astrachaner Stadtrats, unter Berufung auf das Gutachten über den technischen Zustand des Kirchengebäudes, das von Ingenieur O.K. Bar-Ramensky erstellt wurde, und unter Berücksichtigung des Notstands der Konstruktionen, der regionalen Handelsverwaltung zu erlauben, das Gebäude der ehemaligen Nikolauskirche in der Straße Khalturina abzureißen. Im Gutachten des Stadtrats gab es viele Unwahrheiten, da Ingenieur Bar-Ramensky auf der Erhaltung der Kirche bei einer umfassenden Renovierung bestand. Die Kirche hätte noch lange stehen können, wenn nicht der Bau eines Einkaufszentrums mit Restaurant an ihrer Stelle geplant gewesen wäre. Der Abriss der Kirche zog sich lange hin, massive Wände gaben nur schwer nach. Gläubige Astrachaner sammelten Stücke des Putzes mit Malereien, die sie als Reliquien nach Hause nahmen. Im Jahr 1974 blieb von der Kirche nichts mehr übrig.

Die Handels-Nikolauskirche wurde zur letzten der orthodoxen Kirchen, die während der kommunistischen Herrschaft zerstört wurden. Heute steht an ihrer Stelle ein modernes Gebäude eines zentralen Kaufhauses aus Glas und Beton.