Este templo fue el segundo de los templos parroquiales construidos en la Ciudad Blanca. Su nombre indica una estrecha relación con el comercio astracanense y la casa de comercio en Astracán. San Nicolás, el Taumaturgo, patrón del comercio y la navegación, gozaba de especial veneración entre los comerciantes, lo que contribuyó a la construcción de la iglesia en su honor cerca de la casa de comercio rusa y los muelles, donde se realizaba activamente la descarga y carga de mercancías. El momento exacto de la construcción del templo original es desconocido, pero se puede afirmar que fue erigido poco después de la aparición de la casa de comercio en Astracán. El cronista informa que en 1599, durante un incendio, se quemaron las casas de comercio, incluida la rusa, la bujariana y la guilaní, lo que confirma la existencia de la casa de comercio a finales del siglo XVI. Probablemente, la primera iglesia de madera de San Nicolás fue construida a principios del siglo XVII, y la primera mención de ella data de 1628.

A principios del siglo XVIII comenzó la construcción de una nueva iglesia de piedra. El metropolitano Sampson, iniciador de la construcción, convenció a los comerciantes astracanenses de financiar esta obra piadosa. Aunque el metropolitano no vivió para ver la finalización de la construcción, los trabajos principales se completaron antes de su muerte en 1714. Bajo su sucesor, el obispo Joaquín, el 5 de noviembre de 1714 se consagró el altar lateral en honor del Gran Mártir Jorge. Los trabajos continuaron durante mucho tiempo, y solo el 23 de junio de 1721 se consagró el altar principal en nombre de San Nicolás, posiblemente en relación con la visita prevista del emperador Pedro I a Astracán en 1722. El gobernador Artemio Volynski se esforzó por poner la ciudad en orden para la llegada del emperador. En junio de 1755, en la sala de la iglesia, a la derecha, se organizó un altar en honor de la icono de la Madre de Dios "Consuelo de Todos los Afligidos" por un voto de Mijaíl Fiódorovich Gnevashov. Ese mismo año, el 12 de noviembre, el altar fue consagrado por el archimandrita Aarón. Con el tiempo, la iglesia fue reconstruida y renovada varias veces.

En 1971, el ejecutivo del consejo de la ciudad de Astracán, citando un informe sobre el estado técnico del edificio de la iglesia, realizado por el ingeniero O.K. Bar-Ramensky, y considerando el estado de emergencia de las estructuras, decidió permitir a la administración regional de comercio demoler el edificio de la antigua iglesia de San Nicolás en la calle Jalturina. En el informe del consejo de la ciudad había muchas mentiras, ya que el ingeniero Bar-Ramensky insistía en la conservación del templo con una reparación capital. La iglesia podría haber permanecido en pie durante mucho tiempo, si no se hubiera planeado la construcción de un centro comercial con restaurante en su lugar. La demolición del templo fue un proceso largo, las gruesas paredes apenas cedían. Los creyentes astracanenses recogían trozos de yeso con pintura, que llevaban a casa como reliquias. En 1974, no quedó rastro de la iglesia.

La iglesia de San Nicolás se convirtió en el último de los templos ortodoxos destruidos durante el período del gobierno comunista. Ahora, en su lugar, se encuentra un moderno edificio de un supermercado central de vidrio y hormigón.