Le nom de l'église est lié à la sloboda de Melnitska, connue depuis le milieu du XVIIe siècle pour ses moulins. Jusqu'en 1659, il y avait ici un monastère masculin, le monastère de Nikoloskoro. En 1609, des intervenants polonais ont détruit le monastère, tuant de nombreux, y compris l'igoumène Varsanofiy. Le monastère a été incendié, mais dans l'église de saint Nicolas, l'image miraculeuse de saint Nicolas de Myre a survécu. La pierre à cinq coupoles de l'église au nom de saint Nicolas a commencé à être construite le 28 mars 1668 avec les fonds du marchand de Iaroslavl, Martinian Dourandine, qui est mort le 10 décembre 1668, sans avoir attendu l'achèvement de la construction. L'église a été consacrée le 15 octobre 1672. Elle était ornée d'un iconostase à cinq niveaux avec des sculptures en forme de branches de vigne. L'icône de l'église de Nicolas le Miracleux, revêtue d'une chasuble en argent, a miraculeusement survécu après l'incendie de 1609. En hiver, elle était transférée dans l'église chaude. La peinture de l'église de Nicolas, réalisée du 11 juin 1705 au 29 août 1707 par des maîtres de Iaroslavl, a été mise à jour trois fois au XIXe siècle. La peinture de l'église de Nicolas à Melenki est un exemple frappant de l'école de peinture monumentale de Iaroslavl. Dans le dôme du tambour central est représenté la Patrie, et dans d'autres parties de l'église sont présentées des scènes de l'Ancien et du Nouveau Testament, ainsi que de la vie de Nicolas le Miracleux. Les murs de l'église sont divisés en six niveaux, chacun orné de frises narratives et d'ornements. En 1683, au nord de l'église, une église chaude de l'Assomption de la Vierge a été construite. En 1885, un autel y a été aménagé au nom de l'icône de la Mère de Dieu "Réconfort de tous les affligés". En 1904, avec l'augmentation du nombre de paroissiens, la construction d'une nouvelle église a commencé selon le projet d'Alexandre Ivanov. Cette église, consacrée le 5 octobre 1908, pouvait accueillir jusqu'à 3000 personnes et avait un clocher de 42 mètres de haut. En 1931, l'église a été fermée, et en 1939, le clocher a été démoli. À l'époque soviétique, le bâtiment a été utilisé comme salle de sport. En 2010, l'église a été restituée aux croyants, et après restauration, les services religieux ont repris. Le moment de la démolition de l'église chaude de l'Assomption est inconnu.