El nombre de la iglesia está relacionado con el asentamiento de Melnitskaya, conocido desde mediados del siglo XVII por sus molinos. Hasta 1659, aquí se encontraba el monasterio masculino de Nikoloskoro. En 1609, los interventores polacos destruyeron el monasterio, matando a muchos, incluido el igumen Varsanofio. El monasterio fue incendiado, pero en la iglesia de San Nicolás sobrevivió la imagen milagrosa del santo Nicolás de Mirlikia. La iglesia de piedra de cinco cúpulas en honor a San Nicolás comenzó a construirse el 28 de marzo de 1668 con fondos del comerciante de Yaroslavl, Martinian Durandin, quien falleció el 10 de diciembre de 1668, sin esperar la finalización de la construcción. El templo fue consagrado el 15 de octubre de 1672. Estaba adornado con un iconostasio de cinco niveles con tallas en forma de ramas de uva. El ícono del templo de Nicolás el Milagroso, cubierto con un manto de plata, sobrevivió milagrosamente al incendio de 1609. En invierno, se trasladaba a la iglesia cálida. La pintura de la iglesia de Nicolás, realizada desde el 11 de junio de 1705 hasta el 29 de agosto de 1707 por maestros de Yaroslavl, fue renovada tres veces en el siglo XIX. La pintura de la iglesia de Nicolás en Melnenki es un brillante ejemplo de la escuela de pintura monumental de Yaroslavl. En la cúpula del tambor central se representa la Patria, y en otras partes del templo se presentan escenas del Antiguo y Nuevo Testamento, así como de la vida de Nicolás el Milagroso. Las paredes del templo están divididas en seis niveles, cada uno decorado con frisos narrativos y ornamentos. En 1683, al norte del templo, se construyó una iglesia cálida en honor de la Asunción de la Madre de Dios. En 1885, se estableció un altar en honor del ícono de la Madre de Dios 'Alegría de todos los afligidos'. En 1904, con el aumento del número de feligreses, se inició la construcción de un nuevo templo según el proyecto de Alexander Ivanov. Este templo, consagrado el 5 de octubre de 1908, podía albergar hasta 3000 personas y tenía un campanario de 42 metros de altura. En 1931, la iglesia fue cerrada y en 1939 se demolió el campanario. Durante la época soviética, el edificio se utilizó como gimnasio. En 2010, la iglesia fue devuelta a los creyentes, y tras la restauración, se reanudaron los servicios religiosos. Se desconoce la fecha de demolición de la iglesia cálida de la Asunción.