Der Name der Kirche ist mit der Melnitskaja Sloboda verbunden, die seit der Mitte des 17. Jahrhunderts für ihre Mühlen bekannt ist. Bis 1659 befand sich hier das Nikoloskoworodski-Männerkloster. Im Jahr 1609 zerstörten polnische Interventionisten das Kloster und töteten viele, darunter den Abt Warsonofij. Das Kloster wurde verbrannt, aber in der Kirche des heiligen Nikolaus überlebte das wundertätige Bild des Heiligen Nikolaus von Myra. Die steinerne, fünfkuppelige Kirche zu Ehren des heiligen Nikolaus wurde am 28. März 1668 mit Mitteln des jaroslawlischen Kaufmanns Martinian Durandin erbaut, der am 10. Dezember 1668 starb, bevor der Bau abgeschlossen war. Die Kirche wurde am 15. Oktober 1672 geweiht. Sie war mit einem fünfstöckigen Ikonostase mit Schnitzereien in Form von Weinreben geschmückt. Das Kirchenbild des heiligen Nikolaus, umhüllt von einem silbernen Gewand, überlebte wie durch ein Wunder den Brand von 1609. Im Winter wurde es in die warme Kirche gebracht. Die Malerei der Nikolauskirche, die von 11. Juni 1705 bis 29. August 1707 von jaroslawlischen Meistern ausgeführt wurde, wurde dreimal im 19. Jahrhundert erneuert. Die Malerei der Nikolauskirche in Melenki ist ein leuchtendes Beispiel der jaroslawlischen Schule der monumentalen Malerei. Im Gewölbe der zentralen Trommel ist das Vaterland dargestellt, während in anderen Teilen der Kirche Szenen aus dem Alten und Neuen Testament sowie aus dem Leben des heiligen Nikolaus gezeigt werden. Die Wände der Kirche sind in sechs Ebenen unterteilt, von denen jede mit figürlichen Friesen und Ornamenten geschmückt ist. Im Jahr 1683 wurde nördlich der Kirche eine warme Kirche der Himmelfahrt der Gottesmutter erbaut. Im Jahr 1885 wurde darin ein Altar zu Ehren des Bildes der Gottesmutter "Freude aller Trauernden" eingerichtet. Im Jahr 1904, mit dem Anstieg der Zahl der Gläubigen, begann der Bau einer neuen Kirche nach dem Entwurf von Alexander Ivanov. Diese Kirche, die am 5. Oktober 1908 geweiht wurde, bot Platz für bis zu 3000 Personen und hatte einen 42 Meter hohen Glockenturm. Im Jahr 1931 wurde die Kirche geschlossen, und 1939 wurde der Glockenturm abgerissen. In der Sowjetzeit wurde das Gebäude als Turnhalle genutzt. Im Jahr 2010 wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben, und nach der Restaurierung fanden dort wieder Gottesdienste statt. Der Zeitpunkt des Abrisses der warmen Kirche der Himmelfahrt ist unbekannt.