Sur le côté nord du monastère, entre 1817 et 1823, une église en pierre à un étage a été construite. Ses dimensions étaient de 14 sazhens de long, 7 sazhens de large et 15 sazhens de haut. La voûte de l'église était soutenue par quatre colonnes, et cinq coupoles étaient installées au sommet. Au milieu du XXe siècle, l'église a été démolie.

En 2006, à l'emplacement de l'église démolie, une nouvelle petite église en bois avec une coupole et un clocher a été construite. Cela a été possible grâce aux efforts de l'archevêque Simon Novikov, qui a choisi le monastère Nikolo-Babaevski comme lieu de son repos. Le 11 août 2006, la consécration de l'autel de l'église a eu lieu, qui, après la fermeture du monastère, avait été utilisée pour l'installation d'un monument à Lénine.