En el lado norte del monasterio, entre 1817 y 1823, se construyó un templo de piedra de una sola planta. Sus dimensiones eran de 14 sazhenes de largo, 7 sazhenes de ancho y 15 sazhenes de alto. La bóveda del templo estaba sostenida por cuatro columnas, y en la parte superior se erguían cinco cúpulas. A mediados del siglo XX, el templo fue desmantelado.

En 2006, en el lugar del templo desmantelado, se construyó una nueva pequeña iglesia de madera con una cúpula y un campanario. Esto fue posible gracias a los esfuerzos del metropolitano Simón Novikov, quien eligió el monasterio Nikolo-Babaevsky como lugar de su retiro. El 11 de agosto de 2006 se llevó a cabo la consagración del altar de la iglesia, que después del cierre del monasterio se utilizó para la instalación de un monumento a Lenin.