L'église est mentionnée pour la première fois dans des sources de la seconde moitié du XVIe siècle comme étant située à Mourom, en dehors de la ville, en face de Nicolas le Mouillé. Selon la légende, le temple en bois au nom de saint Nicolas le Miracleux a été construit sur l'ordre d'Ivan le Terrible, qui a visité Mourom avant sa campagne contre Kazan. Au XVIe siècle, le temple avait deux chapelles : celle du martyr Théodore Stratilate et celle des saints Cosme et Damien. À proximité se trouvait une église en bois dédiée aux saints Zosime et Savvaty de Solovki. L'église de Nicolas-Naberezhna est également mentionnée dans le Livre des Pistes de Mourom de 1636-1837 comme "construction du souverain". En 1700, la construction de l'église en pierre de Nicolas a commencé, initiée par le prêtre moscovite Dmitri Christoforov en mémoire de son père, le protodiacre Christofor. En 1707, un acte a été obtenu pour la construction, et en 1714, un iconostase a été installé dans la nouvelle église. En 1717, le peintre d'icônes de Mourom, Alexandre Kazantsev, a créé pour le temple des images des douze sibylles qui avaient prédit la naissance de Jésus-Christ. La même année, le temple a été consacré. En 1803, une salle à manger avec une chapelle de la Descente du Saint-Esprit a été ajoutée au temple, et en 1847, une nouvelle chapelle a été construite en l'honneur du saint martyr Vlasiy, le protecteur des animaux, car parmi les bâtisseurs du temple se trouvaient les marchands Souzdaltsevs-Uchakovs, qui commerçaient du bétail. L'église a été fermée en 1940, et dans les années 1950-1960, elle a abrité une ferme avicole. À la fin des années 1960, le bâtiment a été transféré au musée municipal, qui prévoyait d'y créer une exposition sur la rivière Oka et une exposition de sculpture en bois. Au cours des années suivantes, le temple est resté vide. En 1991, l'église a été transférée à l'Éparchie de Vladimir-Souzdal pour la reprise des services religieux. Le 9 juillet 1993, les reliques de la sainte juste Iouliana Lazarevskaïa ont été transférées dans le temple, devenant sa principale relique. Avant la révolution, l'église abritait une icône vénérée du XIVe siècle de Nicolas le Miracleux, qui appartient maintenant au musée de Mourom.

Le temple de Nicolas est un exemple de l'interprétation locale du "baroque moscovite", ce qui se manifeste dans sa décoration, tandis que la structure à cinq dômes reste traditionnelle. La seule particularité est la finition en dôme du clocher avec des fenêtres rondes. Tout au long de son existence, le temple n'a pas été reconstruit en raison de la pauvreté de la paroisse. L'iconostase sculpté a été conservé dans son état d'origine jusqu'aux années 1960. L'église de Nicolas le Miracleux était traditionnellement construite près de l'eau, car saint Nicolas était vénéré comme le sauveur des noyés et le protecteur des voyageurs. Pendant la crue printanière, lorsque les eaux de l'Oka approchent de la colline sur laquelle se dresse le temple, les habitants de Mourom disent : "Les pieds de Nicolas sont mouillés."