Die Kirche wird erstmals in Quellen aus der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts erwähnt, als sie sich in Murom außerhalb der Stadt gegenüber von Nikola Mokry befand. Laut Überlieferung wurde der hölzerne Tempel im Namen des heiligen Nikolaus von Myra auf Befehl von Iwan dem Schrecklichen erbaut, der Murom vor seinem Feldzug nach Kasan besuchte. Im 16. Jahrhundert hatte der Tempel zwei Altäre: den des Märtyrers Theodor Stratilat und der Heiligen Kosmas und Damian. Nebenan befand sich eine hölzerne Kirche zu Ehren der heiligen Zosima und Savvaty von Solovki. Die Nikolo-Naberezhna-Kirche wird auch im Katasterbuch von Murom aus den Jahren 1636-1837 als "Staatsgebäude" erwähnt. Im Jahr 1700 begann der Bau der steinernen Nikolauskirche, initiiert von dem Moskauer Priester Dmitri Christoforov zum Gedenken an seinen Vater, den Protopriester Christofor. 1707 wurde die Genehmigung für den Bau erteilt, und 1714 wurde im neuen Tempel ein Ikonostas aufgestellt. 1717 schuf der Muromer Ikonenmaler Alexander Kazantsev für die Kirche Darstellungen der zwölf Sibyllen, die die Geburt Jesu Christi voraussagten. Im selben Jahr wurde der Tempel geweiht. 1803 wurde an die Kirche ein Speisesaal mit dem Altar der Herabkunft des Heiligen Geistes angebaut, und 1847 entstand ein neuer Altar zu Ehren des heiligen Märtyrers Vlasiy, des Schutzpatrons der Tiere, da unter den Kirchenbauern die Kaufleute Suzdaltsevy-Ushakovy waren, die mit Vieh handelten. Die Kirche wurde 1940 geschlossen, und in den 1950er und 1960er Jahren beherbergte sie eine Geflügelfarm. Ende der 1960er Jahre wurde das Gebäude dem städtischen Museum übergeben, das plante, eine Ausstellung über den Fluss Oka und eine Ausstellung über Holzskulpturen einzurichten. In den folgenden Jahren blieb der Tempel ungenutzt. 1991 wurde die Kirche der Wladimir-Suzdal-Eparchie zur Wiederaufnahme der Gottesdienste übergeben. Am 9. Juli 1993 wurden die Reliquien der heiligen gerechten Juliana von Lazarus in den Tempel übertragen, die zur Hauptheiligkeit wurden. Vor der Revolution befand sich in der Kirche ein verehrtes Ikone des heiligen Nikolaus von Myra aus dem 14. Jahrhundert, die jetzt dem Muromer Museum gehört.

Die Nikolauskirche ist ein Beispiel für die lokale Interpretation des "moskowitischen Barocks", was sich in ihrer Dekoration zeigt, während die fünfkuppelige Struktur traditionell bleibt. Ungewöhnlich ist lediglich der kuppelartige Abschluss des Glockenturms mit runden Fenstern. Während ihrer gesamten Existenz wurde der Tempel aufgrund der Armut der Gemeinde nicht umgebaut. Der geschnitzte Ikonostas blieb bis in die 1960er Jahre im ursprünglichen Zustand erhalten. Die Kirche des heiligen Nikolaus von Myra wurde traditionell am Wasser erbaut, da der heilige Nikolaus als Retter der Ertrinkenden und Schutzpatron der Reisenden verehrt wurde. In der Zeit der Frühjahrsflut, wenn die Wasser der Oka den Hügel erreichen, auf dem der Tempel steht, sagen die Muromer: "Bei Nikola sind die Füße nass."