Aux XVIe et XVIIe siècles, un monastère féminin se trouvait à l'emplacement de l'actuelle église. En 1750, la construction d'une grande église en pierre a commencé sur la rive gauche de la rivière Vologda, remplaçant une église en bois du même nom. À l'origine, le temple était destiné à deux riches villages monastiques, Vypryagovo et Korovnichye. La construction s'est poursuivie jusqu'au milieu du XIXe siècle. Du côté est, une haute église froide à deux lumières a été ajoutée au temple, consacrée en 1755.

Dans les années 1930, le temple a été fermé, pillé et est tombé en ruine. L'icône "Miracle de Flora et Lavra" de la seconde moitié du XVIe siècle a été transférée au musée-réserve de Vologda. Plus tard, le bâtiment a été utilisé comme entrepôt.

Des rumeurs circulaient sur des sectaires effectuant divers rituels sur le territoire du temple. À la fin du XXe siècle, une personne privée a tenté de commencer la restauration, ce qui a suscité le mécontentement de l'abbé du monastère de Spaso-Prilutsky. Ce n'est que des décennies plus tard qu'une bénédiction pour la restauration a été obtenue, mais les travaux se sont limités à des mesures et à l'élaboration d'un projet préliminaire. Un groupe d'initiative a organisé à plusieurs reprises des journées de nettoyage, enlevant les déchets et les arbres qui avaient poussé sur les murs et le toit. Le bâtiment est resté sans surveillance, a perdu de nombreux éléments architecturaux, et une partie du toit de la salle à manger s'est effondrée.

Aujourd'hui, le temple de Saint Nicolas est dans un état d'urgence. La toiture est pratiquement absente, et les voûtes et les murs se détériorent à cause de l'humidité. Les moines du monastère de Spaso-Prilutsky, auquel le temple appartient maintenant, ont installé des fenêtres et des portes temporaires et ont limité l'accès aux étrangers. En 2016, une collecte de fonds pour la restauration a été organisée.