Im 16. und 17. Jahrhundert befand sich an der Stelle der heutigen Kirche ein Frauenkloster. 1750 begann man am linken Ufer des Flusses Wologda mit dem Bau einer großen Steinkirche, die die hölzerne Kirche mit demselben Namen ersetzte. Ursprünglich war der Tempel für zwei wohlhabende klösterliche Dörfer, Wyprjagowo und Korownitsche, bestimmt. Der Bau dauerte bis zur Mitte des 19. Jahrhunderts. An der Ostseite wurde der Kirche eine hohe, zweischiffige kalte Kirche angefügt, die 1755 geweiht wurde.

In den 1930er Jahren wurde der Tempel geschlossen, geplündert und verfiel. Das Ikone „Wunder von Flora und Lavra“ aus der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde dem Wologda Museum übergeben. Später wurde das Gebäude als Lager genutzt.

Es gab Gerüchte über Sekten, die auf dem Gelände der Kirche verschiedene Rituale durchführten. Ende des 20. Jahrhunderts versuchte eine Privatperson, mit der Restaurierung zu beginnen, was das Missfallen des Abtes des Spaso-Prilutsky-Klosters hervorrief. Erst Jahrzehnte später wurde die Genehmigung zur Restaurierung erteilt, aber die Arbeiten beschränkten sich auf Vermessungen und die Erstellung eines Entwurfs. Eine Initiativegruppe organisierte mehrfach Aufräumaktionen, beseitigte Müll und entfernte Bäume, die an den Wänden und dem Dach gewachsen waren. Das Gebäude blieb unbewacht, verlor viele architektonische Elemente, und ein Teil des Daches der Speisehalle stürzte ein.

Heute befindet sich die Kirche des Heiligen Nikolaus in einem Notzustand. Das Dach fehlt nahezu vollständig, und die Gewölbe und Wände zerfallen aufgrund von Feuchtigkeit. Die Mönche des Spaso-Prilutsky-Klosters, zu dem die Kirche jetzt gehört, haben vorübergehende Fenster und Türen installiert und den Zugang für Unbefugte eingeschränkt. 2016 wurde eine Sammlung von Mitteln für die Restaurierung organisiert.