En los siglos XVI y XVII, en el lugar de la actual iglesia, había un monasterio femenino. En 1750, en la orilla izquierda del río Vologda, comenzó la construcción de una gran iglesia de piedra, que reemplazó a la de madera con el mismo nombre. Inicialmente, el templo estaba destinado a dos ricas aldeas monásticas, Vypryagovo y Korovnichye. La construcción continuó hasta mediados del siglo XIX. En el lado este, se añadió a la iglesia una alta iglesia fría de dos luces, consagrada en 1755.

En la década de 1930, el templo fue cerrado, saqueado y cayó en decadencia. El ícono "Milagro de Flora y Lavra" de la segunda mitad del siglo XVI fue transferido al museo-reserva de Vologda. Más tarde, el edificio se utilizó como almacén.

Existían rumores sobre sectarios que realizaban diversos rituales en el territorio de la iglesia. A finales del siglo XX, una persona privada intentó iniciar la restauración, lo que provocó el descontento del igumen del monasterio Spaso-Prilutsky. Solo décadas después se obtuvo la bendición para la restauración, pero los trabajos se limitaron a mediciones y la elaboración de un proyecto preliminar. Un grupo de iniciativa organizó repetidamente jornadas de limpieza, recogió basura y eliminó árboles que habían crecido en las paredes y el techo. El edificio quedó desatendido, perdió muchos elementos arquitectónicos y parte del techo del refectorio se derrumbó.

Hoy en día, el templo del Santo Nicolás se encuentra en estado de emergencia. La cubierta prácticamente no existe, y las bóvedas y paredes se están destruyendo debido a la humedad. Los monjes del monasterio Spaso-Prilutsky, al que ahora pertenece el templo, han instalado ventanas y puertas temporales y han restringido el acceso a personas ajenas. En 2016, se organizó una recaudación de fondos para la restauración.