Au 17ème siècle, sur le territoire de Zamoskvorechye se trouvait la sloboda d'Ovchinnaya, qui s'occupait de la laine et des peaux. Cela est rappelé par les noms des ruelles Runovsky et Ovchinnikovsky, ainsi que par les palais en pierre et l'église de l'archange Michel.

Le bâtiment en pierre de l'église a été érigé vers 1662. Le clocher avec un étage octogonal et la salle de repas ont été ajoutés vers 1700. À cette époque, les fenêtres de l'abside ont été ornées de cadres dans le style baroque moscovite avec des colonnes et des volutes en deux étages, surmontées de croix orthodoxes à six branches. Si l'on regarde de près, on peut apercevoir sous les croix des images de crâne avec des os, symbolisant la « tête d'Adam ».

Les recherches architecturales montrent qu'à l'origine, l'église avait trois dômes, mais deux d'entre eux ont été enlevés par la suite en raison de leur vétusté. Il y avait aussi une « colline » de kokoshniks sous les dômes, qui a été perdue à cause des modifications des plafonds de l'église. Malgré son nom, seul le chœur sud a été consacré au nom de l'archange Michel, tandis que l'autel principal est dédié à la Protection de la Vierge. Plus tard, en 1770, le chœur du saint martyr Haralampius a été consacré.

Au début des années 1930, l'église a été fermée. Dans ses murs, des bureaux, une boulangerie, un dortoir ont successivement été installés, et elle a également été utilisée comme local de stockage. En 1955 et 1961, l'église a été séparée de la ruelle d'Ovchinniky en raison de la construction d'un bâtiment administratif dans le passage Sadovnicheskoye, selon le projet des architectes G.I. Grigoriev et T.V. Vladimirov. L'intérieur a été complètement perdu, mais deux icônes, dont l'une a été peinte par le célèbre iconographe Simon Ushakov en 1652, ont été transférées à la galerie Tretiakov et ont ainsi été préservées. En 1998, les services religieux ont repris dans l'église, et une restauration a été effectuée.