Im 17. Jahrhundert befand sich auf dem Gebiet von Samoskworetsche die staatliche Owtschinische Siedlung, die sich mit Wolle und Pelzen beschäftigte. Daran erinnern die Namen der Rounowski- und Owtschiniki-Gassen sowie die steinernen Paläste und die Kirche des Erzengels Michael.

Das steinerne Gebäude der Kirche wurde um 1662 errichtet. Der Glockenturm mit achteckigem Glockenstuhl und die Sakristei wurden etwa 1700 hinzugefügt. Zur gleichen Zeit wurden die Fenster der Apsis mit Rahmen im Stil des Moskauer Barocks geschmückt, die mit Säulen und zwei Reihen von Spiralen verziert sind, gekrönt von sechszackigen orthodoxen Kreuzen. Wenn man genau hinsieht, kann man unter den Kreuzen Darstellungen von Totenschädeln mit Knochen erkennen, die den "Adamkopf" symbolisieren.

Architektonische Studien zeigen, dass die Kirche ursprünglich drei Kuppeln hatte, von denen zwei später aufgrund von Verfall entfernt wurden. Es gab auch eine "Hügel" von Kokoschniks unter den Kuppeln, die aufgrund von Veränderungen in den Decken des Tempels verloren ging. Trotz des Namens wurde nur der südliche Altar im Namen des Erzengels Michael geweiht, während der Hauptaltar der Schutzmantel der Gottesmutter gewidmet ist. Später, im Jahr 1770, wurde der Altar des heiligen Märtyrers Charalampos geweiht.

Anfang der 1930er Jahre wurde die Kirche geschlossen. In ihren Mauern wurden nacheinander Büros, eine Bäckerei, ein Wohnheim untergebracht, und sie wurde auch als Lagerraum genutzt. 1955 und 1961 wurde die Kirche durch den Bau eines Verwaltungsgebäudes in der Sadownitscheski-Gasse nach den Entwürfen der Architekten G.I. Grigorjew und T.W. Wladimirow vom Mittleren Owtschiniki-Gassen abgetrennt. Die innere Ausstattung ging vollständig verloren, aber zwei Ikonen, von denen eine 1652 von dem berühmten Ikonenmaler Simon Uschakow gemalt wurde, wurden in die Tretjakow-Galerie überführt und so erhalten. Im Jahr 1998 wurden die Gottesdienste in der Kirche wieder aufgenommen, und eine Restaurierung wurde durchgeführt.