En el siglo XVII, en el territorio de Zamoskvorechye, se encontraba la sloboda estatal de Ovchinnaya, que se dedicaba a la lana y la piel. Esto se recuerda en los nombres de los callejones Runovsky y Ovchinnikovsky, así como en las cámaras de piedra y la iglesia de San Miguel Arcángel.

El edificio de piedra de la iglesia fue construido alrededor de 1662. El campanario con su octogonal nivel de campanas y la sacristía se añadieron aproximadamente en 1700. En este mismo tiempo, las ventanas del ábside fueron adornadas con marcos en estilo barroco moscovita con columnas y volutas en dos niveles, coronadas con cruces ortodoxas de seis puntas. Si se observa detenidamente, se pueden notar imágenes de un cráneo con huesos bajo las cruces, simbolizando la 'cabeza de Adán'.

Las investigaciones arquitectónicas muestran que originalmente la iglesia tenía tres cúpulas, pero dos de ellas fueron retiradas más tarde debido a su deterioro. También existía una 'colina' de kokoshniks bajo las cúpulas, que se perdió debido a cambios en las cubiertas del templo. A pesar de su nombre, solo el altar sur fue consagrado en nombre de San Miguel Arcángel, mientras que el altar principal está dedicado a la Protección de la Madre de Dios. Más tarde, en 1770, se consagró el altar del santo mártir Jarlampio.

A principios de la década de 1930, la iglesia fue cerrada. En sus muros se ubicaron sucesivamente oficinas, una panadería, un albergue, y también se utilizó como sala de almacenamiento. En 1955 y 1961, la iglesia quedó separada del callejón Medio Ovchinnikovsky debido a la construcción de un edificio administrativo en el paso Sadovnichesky, según el proyecto de los arquitectos G.I. Grigoriev y T.V. Vladimirov. La decoración interior se perdió por completo, pero dos íconos, uno de los cuales fue pintado por el famoso iconógrafo Simón Ushakov en 1652, fueron transferidos a la Galería Tretyakov y así se conservaron. En 1998, se reanudaron los servicios en la iglesia y se llevó a cabo una restauración.