Au fond de la cour, à l'angle de la Grande Rue Moscovite et de Rogatitsa, se trouve l'église Saint-Clément. Elle rappelle les temples du dernier siècle de l'indépendance de Novgorod, bien qu'elle ait été construite durant la période moscovite. Les traditions architecturales de Novgorod y sont préservées, ce qui permet de supposer qu'elle a été édifiée par une coopérative locale.

Le seul élément indiquant l'époque moscovite est le bas sous-sol, caractéristique de cette époque. On note également que le temple est entièrement construit en briques, ce qui est considéré comme un signe de l'État moscovite, bien que de tels précédents auraient pu également surgir à Novgorod. Par exemple, l'église de l'Assomption à Pirogoshcha dans le Kiev pré-mongol a été construite en briques, bien que principalement là-bas, on utilisait du calcaire, comme à Novgorod.

Selon la IV chronique de Novgorod, l'église Saint-Clément a été érigée en 1519 à la demande du marchand moscovite Vassili Tarakanov à l'emplacement de l'église homonyme détruite durant l'indépendance novgorodienne. De l'autre côté de Rogatitsa se trouve une mystérieuse ruine en briques, connue sous le nom de maison de Marfa Posadnitsa, restée après la disparition de la lignée des Tarakanov lors du pogrom d'oprishna en 1570. L'ancienne église, selon la chronique, "tomba" en 1517 et a peut-être simplement été rénovée, conservant les structures principales. Pour la première fois, l'église à cet endroit est mentionnée dans la troisième chronique de Novgorod sous l'année 1153, mais les données archéologiques indiquent que la ville ne s'étendait pas encore aussi loin vers le nord à cette époque.

Depuis le XIVe siècle, le temple de Clément à cet endroit existait et souffrait d'incendies. L'église actuelle est l'un des plus beaux édifices du côté commercial de la Grande Novgorod. Au XVIIe siècle, une cloche à toit pointu y a été ajoutée, semblable aux clochers des églises de Dmitri de Thessalonique et de Fiodor Stratilat. Actuellement, l'église Saint-Clément n'est plus en activité, elle abrite un entrepôt depuis 1930. Pendant la guerre, elle a beaucoup souffert, mais a conservé ses formes principales. Dans les années 1950, elle a été restaurée dans son aspect historique, réinstallant à nouveau l'entrepôt. Le clocher tardif a été démonté pour récupérer des briques pour la restauration des maisons novgorodiennes.

À cette époque, la question de l'avenir de Novgorod était pressante : allait-elle devenir une ville morte ou renaître en tant que centre à part entière. L'utilisation des briques provenant du clocher du temple a joué son rôle dans sa recréation.