En el fondo del patio, en la esquina de la Gran Calle de Moscú y Rogatitsa, se encuentra la iglesia de San Clemente. Recuerda a los templos del último siglo de Novgorod independiente, aunque fue construida en el período moscovita. Las tradiciones arquitectónicas de Novgorod se han conservado en ella, lo que permite suponer que fue construida por una cooperativa local.

El único elemento que indica la época moscovita es el bajo sótano, característico de esa época. También se señala que el templo está completamente construido de ladrillo, lo que se considera un signo del estado moscovita, aunque tales precedentes podrían haber surgido también en Novgorod. Por ejemplo, la iglesia de la Asunción en Pirogoshcha en el Kiev pre-mongol fue construida de ladrillo, aunque allí se utilizaba principalmente piedra caliza, como en Novgorod.

Según la IV crónica de Novgorod, la iglesia de San Clemente fue erigida en 1519 por encargo del comerciante moscovita Vasily Tarakanov en el lugar de la iglesia homónima destruida durante la independencia novgorodiana. En el lado opuesto de Rogatitsa se encuentra una misteriosa ruina de ladrillo, conocida como la casa de Marfa Posadnitsa, que quedó tras la desaparición de la familia Tarakanov durante la masacre de Oprichnina de 1570. La antigua iglesia, según la crónica, "cayó" en 1517 y, posiblemente, fue simplemente renovada, conservando las estructuras principales. La primera mención de la iglesia en este lugar aparece en la tercera crónica de Novgorod bajo el año 1153, pero los datos arqueológicos indican que la ciudad aún no se extendía tan al norte en ese momento.

Desde el siglo XIV, el templo de Clemente existió en este lugar y sufrió incendios. La actual iglesia es uno de los edificios más bellos del lado comercial de Veliky Novgorod. En el siglo XVII, se le añadió un campanario con un techo a dos aguas, similar a los campanarios de las iglesias de Dmitry Solunsky y Fyodor Stratilat. Actualmente, la iglesia de San Clemente no está en funcionamiento, desde 1930 alberga un almacén. Durante la guerra sufrió graves daños, pero conservó sus formas principales. En la década de 1950 fue restaurada en su forma histórica, reubicando nuevamente el almacén. El campanario tardío fue desmantelado para ladrillos para la restauración de las casas novgorodianas.

En esos años, la cuestión del futuro de Novgorod estaba en juego: ¿sería una ciudad muerta o renacería como un centro pleno? El uso de ladrillos del campanario del templo jugó su papel en su recreación.