L'architecture du temple rappelle les églises arméniennes des XIII-XIV siècles : un bâtiment carré avec un dôme sur un tambour octogonal et des fenêtres étroites. Plus tard, l'église a été reconstruite : un espace spacieux a été ajouté à l'entrée principale, divisé par des colonnes en trois nefs, couvertes de voûtes avec des arcs sur des consoles. Cela a permis au temple d'accueillir plus de fidèles. En passant par une annexe sombre, les croyants entraient dans une salle lumineuse à coupole, ornée de figures de Jean-Baptiste et de Nicolas le Miracleux en pierre. Ces sculptures illuminées par le soleil faisaient forte impression. Dans la partie supérieure de l'abside se trouvait une image du Christ et des douze apôtres.

Avec le temps, les bâtiments se détériorent, mais à la fin du XIXe siècle, l'évêque de Tauride et de Simferopol, Germogène, décrivait l'intérieur de l'église ainsi : « Dans l'église, on remarque d'anciennes images sur les murs : le Sauveur au sommet, de chaque côté les 12 apôtres, Jean-Baptiste avec l'agneau au-dessus de l'autel, saint Nicolas avec un livre sur le mur sud, le visage du Seigneur sous la coupole, saint Georges à cheval à l'entrée. Le temple est petit, mais solide. »

Le temple était décoré de fresques, dont des fragments ont été conservés. En 1927, une commission de restauration, comprenant l'artiste et historien de l'art I.E. Grabar, a examiné les églises médiévales de Théodosie. Grabar a suggéré que certaines fresques de l'église de Jean-Baptiste pourraient avoir été créées par le peintre byzantin Théophane le Grec, qui a travaillé en Russie dans les années 1370. Ses icônes et fresques sont conservées dans la cathédrale de l'Annonciation à Moscou et dans l'église du Sauveur à Ilina à Novgorod.

Un événement historique est lié à l'église : à l'automne 1474, le voyageur russe Afanasy Nikitin est arrivé à Caffa, revenant d'Inde. Dans son « Voyage à travers trois mers », il écrivait qu'il était arrivé à Caffa neuf jours avant le jeûne de Philippe. La tradition dit qu'il a visité l'église de Jean-Baptiste et y a prié, se réjouissant de son retour au pays après avoir vécu parmi des bouddhistes et des musulmans.

En 1475, Caffa a été capturée par les Turcs, et l'islam est devenu la religion principale, bien que la ville ait conservé des temples de différentes confessions. Avec le temps, l'église de Jean-Baptiste est tombée en ruine et a été appelée l'Église de la Quarantaine. En 1887, l'évêque Germogène écrivait sur l'église de la Quarantaine, construite en pierre brute en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de l'Iveron. En 1858, le prêtre Nicolas Tregoubov l'a restaurée avec l'aide de bienfaiteurs, et en 1875, Rukavishnikov a peint l'église et a offert trois icônes.

En 1906, le peintre Konstantin Bogaevsky et Joséphine Durante se sont mariés dans ce temple. Bogaevsky, un célèbre artiste russe, est né à Théodosie et vivait à Quarantaine, où se trouvait son atelier. Le temple était son préféré. Pendant la révolution, environ 7000 soldats et officiers blancs ont été exécutés près du temple.

Dans les années 1930, le temple a été fermé et abandonné. Malgré la création d'une réserve historique et architecturale, il a commencé à se détériorer. En raison de disputes, les travaux de restauration n'ont pas été réalisés pendant sept ans, et l'eau à travers les trous dans le toit a endommagé les fresques. Cependant, grâce aux efforts de personnes bienveillantes, y compris l'architecte Valery Zamekhovsky, le temple a été sauvé. Des travaux de drainage ont été effectués, le niveau du sol a été abaissé, et la cour a été pavée de pierres. Les futurs fidèles ont aidé en nettoyant les débris et en embellissant la cour. La restauration a été achevée en 1996, et le temple a été rendu aux croyants.