El aspecto arquitectónico del templo recuerda a las iglesias armenias de los siglos XIII-XIV: un edificio cuadrado con cúpula sobre un tambor octogonal y ventanas estrechas. Más tarde, la iglesia fue reconstruida: se añadió un amplio espacio en la entrada principal, dividido por columnas en tres naves, cubiertas con bóvedas y arcos sobre consolas. Esto permitió que el templo albergara a más feligreses. Al pasar por la sombría adición, los creyentes llegaban a la luminosa sala con cúpula, decorada con figuras de Juan Bautista y Nicolás el Milagroso de piedra. Estas esculturas iluminadas por el sol causaban impresión. En la parte superior del ábside había una imagen de Cristo y los doce apóstoles.

Con el tiempo, los edificios se deterioran, pero a finales del siglo XIX, el obispo de Taurida y Simferópol, Germogen, describía el interior de la iglesia así: «En la iglesia son notables las antiguas imágenes en las paredes: el Salvador en el lugar elevado, a los lados 12 apóstoles, Juan Bautista con el cordero sobre el altar, el santo Nicolás con un libro en la pared sur, el rostro del Señor bajo la cúpula, san Jorge a caballo en la entrada. El templo es pequeño, pero sólido».

El templo fue decorado con frescos, fragmentos de los cuales han sobrevivido. En 1927, una comisión de restauración, que incluía al artista e historiador del arte I.E. Grabar, inspeccionó las iglesias medievales de Feodosia. Grabar sugirió que algunos frescos de la iglesia de Juan Bautista podrían haber sido creados por el pintor bizantino Teófanes el Griego, quien trabajó en Rusia en la década de 1370. Sus íconos y frescos se han conservado en la Catedral de la Anunciación en Moscú y en la iglesia de Spas-na-Ilyine en Novgorod.

Un evento histórico está relacionado con el templo: en otoño de 1474, el viajero ruso Afanasy Nikitin llegó a Caffa, regresando de la India. En «El viaje a través de tres mares» escribió que llegó a Caffa nueve días antes del ayuno de Felipe. La tradición dice que visitó la iglesia de Juan Bautista y oró allí, alegrándose de regresar a su patria después de vivir entre budistas y musulmanes.

En 1475, los turcos tomaron Caffa, y el islam se convirtió en la religión principal, aunque en la ciudad quedaban templos de diferentes confesiones. Con el tiempo, la iglesia de Juan Bautista cayó en ruinas y comenzó a ser llamada la Iglesia de Cuarentena. En 1887, el obispo Germogen escribió sobre la iglesia de Cuarentena, construida de piedra salvaje en honor a la imagen de la Madre de Dios de Iver. En 1858, el sacerdote Nikolai Tregubov la renovó con la ayuda de benefactores, y en 1875, Rukavishnikov pintó la iglesia y donó tres íconos.

En 1906, en este templo se casaron el artista Konstantin Bogaevsky y Josephina Durante. Bogaevsky, un conocido artista ruso, nació en Feodosia y vivió en Cuarentena, donde estaba su taller. El templo era su favorito. Durante los años de la revolución, cerca del templo fueron fusilados alrededor de 7000 soldados y oficiales blancos.

En los años 30 del siglo XX, el templo fue cerrado y abandonado. A pesar de la creación de un reserva histórico-arquitectónica, comenzó a deteriorarse. Debido a disputas, no se realizaron trabajos de restauración durante siete años, y el agua a través de los agujeros en el techo dañó los frescos. Sin embargo, gracias a los esfuerzos de personas solidarias, incluido el arquitecto Valeryzamekhovsky, el templo fue salvado. Se realizaron trabajos de drenaje, se bajó el nivel del suelo, se pavimentó el patio con piedra. Los futuros feligreses ayudaron, limpiando la basura y embelleciendo el patio. La restauración se completó en 1996, y el templo fue devuelto a los creyentes.