Das architektonische Erscheinungsbild des Tempels erinnert an armenische Kirchen des 13. und 14. Jahrhunderts: ein quadratisches Gebäude mit einer Kuppel auf einem achteckigen Tambour und schmalen Fenstern. Später wurde die Kirche umgebaut: Vor dem Haupteingang wurde ein geräumiger Raum hinzugefügt, der durch Säulen in drei Schiffe unterteilt war, die mit Gewölben und Bögen auf Konsolen überdacht waren. Dies ermöglichte es dem Tempel, mehr Gläubige aufzunehmen. Nach dem Durchgang durch den düsteren Anbau gelangten die Gläubigen in den hellen kuppelartigen Saal, der mit Figuren des Johannes des Täufers und des heiligen Nikolaus aus Stein geschmückt war. Diese von der Sonne beleuchteten Skulpturen hinterließen einen Eindruck. In der oberen Hälfte der Apsis befand sich ein Bild von Christus und den zwölf Aposteln.

Im Laufe der Zeit verfallen die Gebäude, aber Ende des 19. Jahrhunderts beschrieb der Bischof von Taurien und Simferopol, Germogen, die Inneneinrichtung der Kirche so: „In der Kirche sind die alten Darstellungen an den Wänden bemerkenswert: der Heiland an einem erhöhten Ort, zu beiden Seiten die 12 Apostel, Johannes der Täufer mit dem Lamm über dem Altar, der heilige Nikolaus mit dem Buch an der südlichen Wand, das Antlitz des Herrn unter der Kuppel, der heilige Georg zu Pferd am Eingang. Der Tempel ist klein, aber stabil.“

Die Kirche war mit Fresken bemalt, von denen Fragmente erhalten geblieben sind. Im Jahr 1927 untersuchte eine Restaurierungskommission, zu der der Künstler und Kunsthistoriker I.E. Grabar gehörte, die mittelalterlichen Kirchen von Feodosia. Grabar vermutete, dass einige Fresken der Kirche des Johannes des Täufers von dem byzantinischen Maler Theophanes dem Griechischen geschaffen worden sein könnten, der in den 70er Jahren des 14. Jahrhunderts in Russland tätig war. Seine Ikonen und Fresken sind in der Mariä-Entschlafens-Kathedrale in Moskau und der Kirche des Heiligen Erlösers in Nowgorod erhalten geblieben.

Mit der Kirche ist ein historisches Ereignis verbunden: Im Herbst 1474 kam der russische Reisende Afanasi Nikitin, der aus Indien zurückkehrte, nach Kaffa. In seinem „Weg über drei Meere“ schrieb er, dass er neun Tage vor dem Philippusfasten in Kaffa ankam. Der Überlieferung zufolge besuchte er die Kirche des Johannes des Täufers und betete dort, erfreut über die Rückkehr in die Heimat nach einem Leben unter Buddhisten und Muslimen.

Im Jahr 1475 wurde Kaffa von den Türken erobert, und der Islam wurde zur Hauptreligion, obwohl in der Stadt Kirchen verschiedener Konfessionen blieben. Im Laufe der Zeit verfiel die Kirche des Johannes des Täufers und wurde als Quarantänekirche bezeichnet. Im Jahr 1887 schrieb Bischof Germogen über die Quarantänekirche, die aus wildem Stein zu Ehren der Ikone der Iweronischen Gottesmutter erbaut wurde. Im Jahr 1858 erneuerte der Priester Nikolai Tregubov sie mit Hilfe von Wohltätern, und im Jahr 1875 malte Rukavishnikov die Kirche an und stiftete drei Ikonen.

Im Jahr 1906 heirateten in diesem Tempel der Künstler Konstantin Bogaevsky und Josephina Durante. Bogaevsky, ein bekannter russischer Künstler, wurde in Feodosia geboren und lebte in Quarantäne, wo sich sein Atelier befand. Der Tempel war sein Lieblingsort. In den Jahren der Revolution wurden in der Nähe des Tempels etwa 7000 weiße Soldaten und Offiziere erschossen.

In den 30er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde der Tempel geschlossen und verlassen. Trotz der Schaffung eines historischen und architektonischen Reservats begann er zu verfallen. Aufgrund von Streitigkeiten wurden sieben Jahre lang keine Restaurierungsarbeiten durchgeführt, und Wasser beschädigte die Fresken durch Löcher im Dach. Doch dank der Bemühungen von nicht gleichgültigen Menschen, darunter der Architekt Valeryzamekhovsky, wurde der Tempel gerettet. Es wurden Entwässerungsarbeiten durchgeführt, der Boden wurde abgesenkt, der Hof wurde mit Steinen gepflastert. Zukünftige Gläubige halfen, den Müll zu beseitigen und den Hof zu verschönern. Die Restaurierung wurde 1996 abgeschlossen, und der Tempel wurde den Gläubigen zurückgegeben.