En 1837, dans le village de Dukhivnitskoe, le propriétaire local Mikhaïl Evgrafievitch Protopopov a construit une maison de prière avec une petite chapelle, où des funérailles et des sorties de défunts étaient organisées.

Après la création du gouvernement de Samara en 1851, le village de Dukhivnitskoe a été réaffecté, sur le plan ecclésiastique, de l'évêché de Saratov au nouvellement formé évêché de Samara. En avril 1856, la veuve du propriétaire, Praskovya Alexandrovna Protopopova, s'est adressée à la consistance spirituelle de Samara avec une demande de reconstruire la maison de prière en église funéraire au nom de l'archange Michel. Il était prévu qu'un des prêtres de l'église de Pokrov du village de Lipovka y célèbre des services les dimanches et jours de fête. En mai 1856, l'autorisation de construction a été obtenue, et d'ici novembre 1857, l'église a été construite. Le 8 novembre 1857, elle a été consacrée par le prêtre du village de Lipovka, Mark Ostrovidov.

En septembre 1871, l'église du village de Dukhivnitskoe a été reconstruite en demi-église, restant dans la paroisse de l'église de Pokrov du village de Lipovka. En avril 1894, l'église de Mikhailo-Archangel a été à nouveau reconstruite et agrandie. Le projet d'agrandissement a été approuvé le 29 avril 1894 par le département de construction du gouvernement provincial de Samara. Les travaux ont été réalisés sous la supervision de l'architecte diocésain Khilinski. L'église rénovée pouvait accueillir jusqu'à 400 paroissiens et occupait une superficie de 20 sajen. À côté, il y avait une petite maison de gardien construite dans l'enceinte de l'église. L'église était assurée pour 10 000 roubles auprès de la société d'assurance de Saint-Pétersbourg. À proximité de l'église se trouvait un cimetière entouré d'un fossé. Le clergé de l'église était composé d'un prêtre et d'un psalmiste, pour lesquels une maison en pierre à deux étages a été construite en 1892.

En 1878, grâce aux efforts du noble A.M. Protopopov, fils du constructeur de l'église, une école de deux classes a ouvert près de l'église. Le 24 septembre 1895, une école paroissiale à une classe a été ouverte, située dans une maison construite pour elle par la propriétaire P.A. Protopopova.

Pendant les années soviétiques, le temple a été reconverti en cinéma, puis en un complexe de cours de gestion de l'agriculture, et plus tard transféré à une école de musique.

Le 31 mai 1995, le bâtiment du temple a été remis à la paroisse orthodoxe du village de Dukhivnitskoe. L'archevêque de Saratov et de Volsk, Alexandre, a consacré l'antimension pour le temple, nommé en l'honneur du saint prophète Élie. Une bibliothèque et une école du dimanche ont été ouvertes près du temple. Cependant, en raison de l'usure de l'ancien bâtiment en bois, une restauration complète était impossible, il a donc été décidé de construire un nouveau temple sur la place centrale. Il a été érigé avec l'aide d'investisseurs et de bienfaiteurs en 2010 et 2012 selon les plans conservés du bâtiment historique, mais en briques. La grande consécration du temple a été réalisée le 23 mai 2012 par l'évêque de Pokrov et de Nikolaev, Pakhomiy.