À la charnière des XVe et XVIe siècles, un premier temple en bois est apparu à cet endroit. Le nom « Obydenny » est lié au fait que l'église a été construite en un jour, probablement à partir de troncs préfabriqués. Selon une autre version, le temple a été érigé « par vœu » après une forte sécheresse. Après ce cataclysme naturel, le temple est entré dans l'histoire pendant la période des Troubles : le 24 août 1612, le cellérier du monastère de la Trinité-Sergueï, Avraamiy Palitsyn, y a célébré un service pour la victoire sur les Polonais, auquel assista le prince Dmitri Pozharsky. Le quartier général du Deuxième Soulèvement, qui repoussait l'assaut du hetman Khotkevich, se trouvait à proximité.

Le temple en bois a été rénové plusieurs fois, et en 1702, il a été remplacé par un bâtiment en pierre, financé par le diacre Gavriil Derevnin. À l'intérieur, des dalles de marbre rappellent lui et son frère Vassili. L'église a été construite selon la mode architecturale de l'époque : une structure verticale « octogonale sur carré ». Les faces des deux volumes sont ornées de colonnes de l'ordre corinthien avec de petits chapiteaux, tandis que les fenêtres restent strictement ascétiques, sans encadrements. L'octogone est surmonté d'une coupole à facettes avec une croix. Dans le mur nord de l'église, plusieurs plaques tombales témoignent de l'existence d'un cimetière paroissial ici. L'intérieur conserve un iconostase central avec des images du XVIIe siècle, y compris l'image du Sauveur Non-Fait de 1675, l'image de la Mère de Dieu de Kazan, créée par Simon Ushakov, et l'icône du saint Élie le Prophète avec 20 médaillons de sa vie, entre autres.

À l'origine, la salle à manger de l'église était unilatérale, avec une chapelle de Siméon le Juste et d'Anne la Prophétesse. En 1819, elle a été remplacée par une salle à manger en pierre, où un deuxième autel au nom des apôtres Pierre et Paul a été ajouté. L'aspect final de l'église d'Elie s'est formé entre 1866 et 1868, lorsque la salle à manger a été reconstruite et agrandie, et à l'ouest, selon le projet d'A.S. Kaminsky, une nouvelle cloche a été érigée avec un toit à quatre pentes dans le style néo-russe. Les travaux ont été financés par le vieux de l'église, le marchand V.D. Konshin. Une autre bienfaitrice connue était la voisine A.D. Tretyakov, mère du créateur de la galerie. En 1882, un bâtiment de style baroque a été construit près de l'église pour une école et une maison de charité.

Après la révolution, l'église a souffert lors de la campagne de confiscation des biens ecclésiastiques, perdant une partie de sa décoration et de son précieux mobilier, mais les services ont continué. De l'église de la Résurrection à Sokolniki, l'icône de la Mère de Dieu « Joie Inespérée » a été transférée ici, qui se trouvait avant la révolution dans l'église de l'Annonciation au Kremlin. Pendant longtemps, le bâton de la dernière supérieure du monastère voisin de Zachatyevsky a été conservé ici, qui a été restitué à la communauté après le renouveau de la vie monastique. Une légende raconte que les autorités prévoyaient de fermer l'église le 22 juin 1941, mais cela a été empêché par le début de la Grande Guerre patriotique.

À une époque où les églises étaient fermées partout, les services dans l'église d'Elie le Prophète ont continué. C'est ici qu'a eu lieu la cérémonie d'obsèques à distance de l'écrivain M.A. Boulgakov après sa mort, à la demande de ses sœurs. L'écrivain lui-même avait demandé une crémation avant sa mort, et sa demande a été exécutée par son épouse Elena Sergeyevna Boulgakov, qui a enterré ses cendres au cimetière Novodevichy.