An der Wende vom 15. zum 16. Jahrhundert entstand an dieser Stelle der ursprüngliche Holztempel. Der Name „Obydenny“ hängt damit zusammen, dass die Kirche an einem Tag erbaut wurde, wahrscheinlich aus vorgefertigten Stämmen. Nach einer anderen Version wurde der Tempel „aus einem Gelübde“ nach einer schweren Dürre errichtet. Nach dieser Naturkatastrophe trat die Kirche in die Geschichte während der Wirren ein: Am 24. August 1612 hielt der Kellermeister des Dreifaltigkeits-Sergius-Klosters, Awraamij Palizyn, hier ein Gebet für den Sieg über die Polen, an dem Fürst Dmitri Posharsky teilnahm. Der Hauptsitz der zweiten Miliz, die den Angriff des Hetman Khotkevich abwehrte, befand sich in der Nähe.

Der Holztempel wurde mehrmals erneuert, und 1702 wurde er durch ein Steingebäude ersetzt, dessen Mittel der Duma-Diak Gavriil Derevnin spendete. Im Inneren des Tempels erinnern Marmorplatten an ihn und seinen Bruder Wassili. Die Kirche wurde gemäß der architektonischen Mode jener Zeit erbaut: eine vertikal gestreckte Konstruktion „Achtkant auf Viereck“. Die Flächen beider Volumen sind mit Säulen des korinthischen Ordens mit kleinen Kapitellen geschmückt, während die Fenster streng asketisch und ohne Verkleidungen bleiben. Der Achtkant wird von einer facettierten Kuppel mit einem Kreuz gekrönt. In der Nordwand der Kirche sind mehrere Grabtafeln erhalten, die von einem hier existierenden Gemeindefriedhof zeugen. Im Inneren ist der zentrale Ikonostase mit Bildern aus dem 17. Jahrhundert erhalten, darunter das Bild des ungemachten Erlösers von 1675, das Bild der Gottesmutter von Kasan, geschaffen von Simon Ushakov, und die Kirchenikone des heiligen Propheten Elia mit 20 Szenen aus seinem Leben und anderen.

Ursprünglich war die Kirche einseitig, mit einer Kapelle des Simeon des Gottbegegners und der Anna der Prophetin. 1819 wurde sie durch eine steinerne Tafel ersetzt, in der ein zweiter Altar im Namen der Apostel Petrus und Paulus entstand. Das endgültige Erscheinungsbild der Iljinskirche wurde zwischen 1866 und 1868 geprägt, als die Tafel umgebaut und erweitert wurde, und im Westen nach dem Entwurf von A.S. Kaminsky ein neuer Glockenturm mit einem quadratischen Zeltdach im neorussischen Stil errichtet wurde. Die Arbeiten wurden aus Spenden des Kirchenältesten, des Kaufmanns V.D. Konshin, finanziert. Auch eine bekannte Wohltäterin war die Nachbarin A.D. Tretyakova, die Mutter des Gründers der Galerie. 1882 wurde an der Kirche ein Gebäude im Barockstil für eine Schule und ein Waisenhaus errichtet.

Nach der Revolution litt die Kirche während der Kampagne zur Beschlagnahme kirchlicher Werte, verlor einen Teil ihrer Ausstattung und wertvollen Utensilien, aber die Gottesdienste wurden fortgesetzt. Aus der Auferstehungskirche in Sokolniki wurde hier das Bild der Gottesmutter „Unerwartete Freude“ gebracht, das vor der Revolution in der Verkündigungskirche im Kreml war. Lange Zeit wurde hier der Stab der letzten Äbtissin des benachbarten Zachatyevsky-Klosters aufbewahrt, der nach der Wiederbelebung des klösterlichen Lebens zurückgegeben wurde. Es gibt eine Legende, dass die Behörden planten, die Kirche am 22. Juni 1941 zu schließen, aber dies wurde durch den Beginn des Großen Vaterländischen Krieges verhindert.

Zu der Zeit, als die Kirchen überall geschlossen wurden, fanden die Gottesdienste in der Kirche des Propheten Elia weiterhin statt. Hier wurde auf Wunsch seiner Schwestern eine posthume Trauerfeier für den Schriftsteller M.A. Bulgakow abgehalten. Der Schriftsteller selbst bat vor seinem Tod um Einäscherung, und seine Bitte erfüllte seine Frau Elena Sergeevna Bulgakova, die die Asche auf dem Nowodewitschi-Friedhof beerdigte.