En la frontera entre los siglos XV y XVI, apareció en este lugar la primera iglesia de madera. El nombre "Obidennoe" está relacionado con el hecho de que la iglesia fue construida en un solo día, probablemente, a partir de troncos prefabricados. Según otra versión, el templo fue erigido "por un voto" tras el final de una fuerte sequía. Después de este cataclismo natural, el templo entró en la historia durante el período de la Tempestad: el 24 de agosto de 1612, el sacristán del monasterio de la Trinidad de San Sergio, Avraamiy Palitsin, celebró aquí un servicio de oración por la victoria sobre los polacos, al que asistió el príncipe Dmitri Pozharsky. El cuartel del Segundo Levantamiento, que repelió el ataque del hetman Jotkevich, estaba cerca.

La iglesia de madera fue renovada varias veces, y en 1702 fue reemplazada por un edificio de piedra, cuyos fondos fueron donados por el escribano de la Duma, Gavriil Derevnin. En el interior del templo, las losas de mármol recuerdan a él y a su hermano Vasili. La iglesia fue construida de acuerdo con la moda arquitectónica de la época: una estructura vertical alargada "octogonal sobre cuadrado". Las caras de ambos volúmenes están adornadas con columnas del orden corintio con pequeños capiteles, mientras que las ventanas permanecen estrictamente ascéticas, sin marcos. El octógono está coronado con una cúpula facetada con una cruz. En la pared norte del templo se han conservado varias lápidas, que atestiguan la existencia de un cementerio parroquial aquí. En el interior se ha conservado el iconostasio central con imágenes del siglo XVII, incluyendo la imagen del Salvador No Hecho por Manos (Nerukotvorny) de 1675, la imagen de la Madre de Dios de Kazán, creada por Simón Ushakov, y el ícono del santo Elías el Profeta con 20 escenas de su vida, entre otros.

Inicialmente, el comedor de la iglesia era de un solo lado, con un altar dedicado a Simeón el Dios Receptor y Ana la Profetisa. En 1819, fue reemplazado por un comedor de piedra, donde apareció un segundo altar en nombre de los apóstoles Pedro y Pablo. La apariencia final de la iglesia de Elías se formó entre 1866 y 1868, cuando se reconstruyó y amplió el comedor, y al oeste, según el proyecto de A.S. Kaminski, se construyó un nuevo campanario con un techo cuadrado en estilo neorruso. Las obras se llevaron a cabo con donaciones del anciano de la iglesia, el comerciante V.D. Konshin. También fue conocida como benefactora la vecina A.D. Tretyakova, madre del creador de la galería. En 1882, se construyó un edificio en estilo barroco para una escuela y un asilo junto al templo.

Después de la revolución, la iglesia sufrió durante la campaña de confiscación de valores eclesiásticos, perdiendo parte de su decoración y utensilios preciosos, pero los servicios continuaron. Desde la iglesia de la Resurrección en Sokolniki, se trasladó aquí el ícono de la Madre de Dios "Alegría Inesperada", que antes de la revolución se encontraba en la iglesia de la Anunciación en el Kremlin. Durante mucho tiempo, se guardó aquí el bastón de la última abadesa del cercano monasterio de Zachatyevsky, que fue devuelto a la comunidad después del renacimiento de la vida monástica. Existe una leyenda de que las autoridades planeaban cerrar la iglesia el 22 de junio de 1941, pero esto fue impedido por el inicio de la Gran Guerra Patria.

En un momento en que las iglesias se cerraban por todas partes, los servicios en la iglesia de Elías el Profeta continuaron. Fue aquí donde se organizó el funeral a distancia del escritor M.A. Bulgakov después de su muerte, a petición de sus hermanas. El propio escritor, antes de morir, pidió la cremación, y su esposa, Elena Sergeyevna Bulgakova, cumplió su deseo, enterrando sus cenizas en el cementerio Novodevichy.