Selon la tradition, le premier temple en bois à cet endroit a été érigé par le prince Yaroslav le Sage, qui a fondé la ville sur la rive droite de la Volga au début du XIe siècle. Avant la construction de la cathédrale de l'Assomption à Strelka en 1215, l'église d'Ilia servait probablement de cathédrale. Pendant l'existence du duché de Yaroslavl, jusqu'au milieu du XVe siècle, l'église d'Ilia, avec les églises de la Résurrection et de Saint-Pierre, avait d'importants privilèges, confirmés par les grands princes et tsars d'Ivan III à Mikhaïl Fiodorovitch. Cela témoigne de son ancienneté et de son rôle important dans la vie de la ville. Au fil des siècles, l'église en bois d'Ilia a souffert à plusieurs reprises d'incendies et a brûlé en 1669 à cause d'un coup de foudre. À sa place, une nouvelle église en bois a été construite, et en 1682, une église en pierre, à laquelle une chapelle dédiée à saint Tikhon le Miracle a été ajoutée en 1694, lui donnant le nom d'église Tikhon. En 1779, avec l'approbation d'un nouveau plan pour Yaroslavl, la plupart des maisons dans la ville de Rublen et de Zemlyan ont été démolies, et les habitants ont été déplacés au-delà de la fortification dans des faubourgs intégrés à la ville. En conséquence, l'église a perdu la majorité de ses fidèles et a fini par se détériorer. À l'automne 1824, le vieux temple a été démoli, et en juin 1825, l'archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Abraham, a posé la première pierre d'un nouveau temple en pierre à deux étages. La construction a été réalisée selon le projet de l'architecte P.Ya. Pankov avec les fonds du conseiller d'État Mikhaïl Alexeïevitch Lenivtsev, qui appréciait les monuments de l'antiquité nationale. De son vivant, l'église a été couverte et achevée en 1831 grâce aux fonds du marchand de Saint-Pétersbourg de la première guilde A.I. Atriganev. Le temple est réalisé dans un style néoclassique, avec une colonnade sur les façades et un grand escalier à l'entrée ouest. Le fronton au-dessus de l'entrée était décoré de deux petites tours : l'une servait de clocher, l'autre de sacristie. Au premier étage se trouvait l'église froide au nom du prophète Élie, consacrée le 15 septembre 1832, et au rez-de-chaussée, l'église chaude au nom de l'icône de la Mère de Dieu de Yaroslavl, consacrée le 3 décembre 1833. Du côté nord se trouvait une chapelle au nom de saint Tikhon, consacrée le 16 octobre 1837, et du côté sud, une chapelle de l'archistratège Michel, peut-être de Boris et Gleb. Certains objets de l'église de Boris et Gleb, fermée en 1828, ont été transférés ici. La date exacte de la fermeture du temple est inconnue. En 1930, le bâtiment a été transféré à la Bourse du Travail, et en 1931, l'église a été exclue de la liste des monuments architecturaux. L'intérieur a été réaménagé. Dans les années 1940, il y avait un dortoir pour l'institut médical, et dans les années 1950, un incendie a détruit les pièces intérieures et le toit. Après restauration, des ateliers de restauration ont été installés dans le temple. Actuellement, il abrite les réserves du musée d'art de Yaroslavl. En 2010, la coupole du temple a été restaurée avec une croix.