Laut Überlieferung wurde die erste hölzerne Kirche an diesem Ort von Fürst Jaroslaw dem Weisen errichtet, der zu Beginn des 11. Jahrhunderts die Stadt am rechten Ufer der Wolga gründete. Bis zum Bau der Uspenski-Kirche an der Spitze im Jahr 1215 diente die Iljinska-Kirche wahrscheinlich als Kathedrale. Während der Existenz des Jaroslawler Fürstentums, bis zur Mitte des 15. Jahrhunderts, hatte die Iljinska-Kirche zusammen mit der Woskressenskaja- und der Petropawlowskaja-Kirche bedeutende Privilegien, die von den Großfürsten und Zaren von Iwan III. bis Michail Fjodorowitsch bestätigt wurden. Dies zeugt von ihrer Antike und wichtigen Rolle im Leben der Stadt. Im Laufe der Jahrhunderte litt die hölzerne Iljinska-Kirche mehrfach unter Bränden und brannte 1669 durch einen Blitzschlag nieder. An ihrer Stelle wurde eine neue hölzerne Kirche erbaut, und 1682 wurde eine steinerne Kirche errichtet, zu der 1694 ein Seitenaltar im Namen des heiligen Tikhon des Wundertäters angebaut wurde, was ihr den Namen Tikhonskaja gab. 1779, mit der Genehmigung eines neuen Plans für Jaroslawl, wurde der Großteil der Häuser in der Rublen- und Erdenstadt abgerissen, und die Bewohner wurden hinter die Stadtmauer in die Vororte umgesiedelt, die in die Stadt eingegliedert wurden. Infolgedessen verlor die Kirche die meisten ihrer Gemeindemitglieder und verfiel im Laufe der Zeit. Im Herbst 1824 wurde der baufällige Tempel abgerissen, und im Juni 1825 legte der Erzbischof von Jaroslawl und Rostow, Abraham, den Grundstein für einen neuen zweigeschossigen Steintempel. Der Bau wurde nach dem Entwurf des Architekten P.Ja. Pankow mit Mitteln des Staatsrates Michail Alexejewitsch Lenivzew, der die Denkmäler der heimischen Antike schätzte, durchgeführt. Zu seinen Lebzeiten wurde die Kirche unter das Dach gebracht und 1831 mit Mitteln des Petersburger Kaufmanns I. Gilde A.I. Atriganjev fertiggestellt. Der Tempel ist im neoklassizistischen Stil ausgeführt, mit einer Kolonnade an den Fassaden und einer hohen Treppe am Westeingang. Der Giebel über dem Eingang war mit zwei Türmchen geschmückt: eines diente als Glockenturm, das andere als Sakristei. Im oberen Stockwerk befand sich die kalte Kirche im Namen des Propheten Elia, die am 15. September 1832 geweiht wurde, im unteren, die warme Kirche im Namen des Ikone der Gottesmutter von Jaroslawl, die am 3. Dezember 1833 geweiht wurde. Auf der Nordseite gab es einen Seitenaltar im Namen des heiligen Tikhon, der am 16. Oktober 1837 geweiht wurde, auf der Südseite einen Seitenaltar des Erzengels Michael, möglicherweise von Boris und Gleb. Einige Gegenstände aus der 1828 aufgelösten Kirche von Boris und Gleb wurden hierher gebracht. Das genaue Datum der Schließung des Tempels ist unbekannt. 1930 wurde das Gebäude der Arbeitsbörse übergeben, und 1931 wurde die Kirche aus der Liste der Architekturdenkmäler gestrichen. Das Innere wurde umgebaut. In den 1940er Jahren gab es hier ein Wohnheim des Medizinischen Instituts, und in den 1950er Jahren zerstörte ein Brand die Innenräume und das Dach. Nach der Wiederherstellung wurden in der Kirche Restaurierungswerkstätten untergebracht. Heute befinden sich hier die Depots des Jaroslawler Kunstmuseums. Im Jahr 2010 wurde auf der Kuppel der Kirche der Kopf mit dem Kreuz wiederhergestellt.