À l'emplacement de l'actuelle église du Prophète Élie, au XVIe et XVIIe siècles, se trouvait le monastère masculin d'Ilinski, dont la date exacte de fondation est inconnue. On suppose que le monastère a été construit sur le site d'un sanctuaire païen dédié à Peroun.

L'église du prophète Élie est située sur une petite élévation. Le nom « à Kaménie » est lié au fait qu'à l'époque d'Ivan le Terrible, de la pierre à chaux était entreposée ici, utilisée pour la construction du mur en pierre du Kremlin de Vologda. L'historien I.K. Stepanovski a écrit que la pierre couvrait en grande quantité l'espace allant de la rivière à l'église de Vladimir, restant dans cette zone de la ville jusqu'à la fin du XVIIIe, début du XIXe siècle. Avec le temps, la pierre inutilisée s'est progressivement enfoncée dans le sol, n'étant visible qu'à certains endroits.

L'église froide d'Ilinski, avec l'église chaude de Varlaam de Khoutyn, formait une seule paroisse. À la fin du XIXe et au début du XXe siècle, la paroisse était petite, ne comptant pas plus de cent personnes. Au début des années 1920, l'église est passée aux rénovateurs. En 1924, la communauté de l'église d'Ilinski a destitué le prêtre rénovateur Alexandre Sakharov et a élu à l'unanimité le protodiacre Alexeï Ouglitski, qui avait précédemment servi au monastère féminin de l'Assomption et soutenait le Patriarche. Le 24 février 1930, les autorités de Vologda ont décidé de fermer l'église d'Ilinski pour les services religieux. Les anciennes icônes de l'église ont été transférées dans des fonds muséaux. Dans les années 1930, l'église abritait des archives, et dans les années 1950 et 1970, un dépôt de livres.

Par un décret du Conseil des ministres de la RSFSR, l'ensemble des églises de l'ancien monastère d'Ilinski, y compris l'église de Varlaam de Khoutyn et l'église du Prophète Élie à Kaménie, a été placé sous protection étatique en tant qu'objet du patrimoine culturel d'importance fédérale. Actuellement, il abrite l'établissement culturel fédéral « Centre artistique et scientifique de restauration de toute la Russie nommé d'après l'académicien I.E. Grabar ».