An der Stelle der modernen Kirche des Propheten Elias befand sich im 16. und 17. Jahrhundert das männliche Iljinski-Kloster, dessen genaue Gründungsdatum unbekannt ist. Es gibt die Annahme, dass das Kloster an der Stelle eines heidnischen Heiligtums von Perun erbaut wurde.

Die Kirche des Propheten Elias liegt auf einer kleinen Anhöhe. Der Name „in Kamenny“ hängt damit zusammen, dass zur Zeit von Iwan dem Schrecklichen hier Kalkstein gelagert wurde, der für den Bau der Steinmauer des Wologda-Kremls verwendet wurde. Der Historiker I.K. Stepanowski schrieb, dass der Stein in großer Menge den Raum vom Fluss bis zur Wladimir-Kirche bedeckte und bis zum Ende des 18. und Anfang des 19. Jahrhunderts in diesem Stadtteil blieb. Im Laufe der Zeit verschwand der ungenutzte Stein allmählich im Boden, und nur an einigen Stellen war er sichtbar.

Die kalte Iljinski-Kirche bildete zusammen mit der warmen Kirche des Warlaam von Chutyn eine Gemeinde. Ende des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts war die Gemeinde klein, nicht mehr als hundert Personen. Zu Beginn der 1920er Jahre ging die Kirche an die Erneuerer über. 1924 entfernte die Gemeinde der Iljinski-Kirche den erneuerten Priester Alexander Sacharow und wählte einstimmig den Protopriester Alexei Uglitzki zum Pfarrer, der zuvor im Uspenski-Frauenkloster diente und den Patriarchen unterstützte. Am 24. Februar 1930 beschlossen die Behörden von Wologda, die Iljinski-Kirche für Gottesdienste zu schließen. Die alten Ikonen der Kirche wurden in die Museumsbestände überführt. In den 1930er Jahren befand sich im Tempel ein Archiv, und in den 1950er und 1970er Jahren ein Buchlager.

Durch einen Beschluss des Ministerrats der RSFSR wurde das Ensemble der Kirchen des ehemaligen Iljinski-Klosters, einschließlich der Kirche des Warlaam von Chutyn und der Kirche des Propheten Elias in Kamenny, als Objekt des kulturellen Erbes von föderaler Bedeutung unter staatlichen Schutz gestellt. Derzeit befindet sich hier die föderale staatliche Kultureinrichtung „Allrussisches Kunstwissenschaftliches Restaurierungszentrum benannt nach Akademiker I.E. Grabar“.