En el lugar de la actual iglesia de Elías el Profeta, en los siglos XVI y XVII, se encontraba el monasterio masculino de Elías, cuya fecha exacta de fundación se desconoce. Se supone que el monasterio fue construido en el lugar de un santuario pagano de Perun.

La iglesia del profeta Elías está situada en una pequeña elevación. El nombre "en Kaménye" está relacionado con el hecho de que durante el reinado de Iván el Terrible, aquí se almacenaba piedra caliza, utilizada para la construcción de la muralla de piedra del Kremlin de Vologda. El historiador I.K. Stepanovski escribió que la piedra cubría en gran cantidad el espacio desde el río hasta la iglesia de Vladimir, permaneciendo en esta área de la ciudad hasta finales del siglo XVIII y principios del XIX. Con el tiempo, la piedra no utilizada fue gradualmente enterrándose, y solo en algunos lugares era visible.

La fría iglesia de Elías junto con la cálida iglesia de Varlaam de Jutyn formaban una sola parroquia. A finales del siglo XIX y principios del XX, la parroquia era pequeña, no más de cien personas. A principios de la década de 1920, la iglesia pasó a manos de los renovacionistas. En 1924, la comunidad de la iglesia de Elías destituyó al sacerdote renovacionista Alexander Sakharov y eligió unánimemente como rector al protoiereo Alexei Uglitsky, quien había servido anteriormente en el monasterio femenino de la Asunción y apoyaba al Patriarca. El 24 de febrero de 1930, las autoridades de Vologda decidieron cerrar la iglesia de Elías para los servicios religiosos. Las antiguas íconos de la iglesia fueron transferidas a los fondos del museo. En la década de 1930, la iglesia albergó un archivo, y en las décadas de 1950 y 1970, un almacén de libros.

Por resolución del Consejo de Ministros de la RSFSR, el conjunto de iglesias del antiguo monasterio de Elías, incluyendo la iglesia de Varlaam de Jutyn y la iglesia de Elías el Profeta en Kaménye, fue puesto bajo protección estatal como objeto de patrimonio cultural de importancia federal. Actualmente, aquí se encuentra la institución cultural estatal federal "Centro de Restauración Científica y Artística de toda Rusia, nombrado en honor al académico I.E. Grabar".