Dans les livres de comptes patriarcaux, l'église de Znaménie n'est pas mentionnée parmi les églises de Pereslavl. Cependant, puisque toutes les églises payant un impôt ecclésiastique au trésor patriarcal devaient être enregistrées, il est probable que l'église de Znaménie soit référencée sous un autre nom. Dans les livres de 1628 à 1746, figure l'église de la Nativité de Jean Baptiste, qui n'existe plus à Pereslavl. Certaines églises du XVIIe siècle, aujourd'hui disparues, ont été conservées sous forme de chapelles annexées à d'autres églises, par exemple, celle de l'apôtre Philippe à l'église de l'Assomption. Étant donné que seule l'église de Znaménie possède une chapelle en l'honneur de la Nativité de Jean Baptiste, on peut supposer que ce nom désigne l'actuelle église de Znaménie. Il est connu que l'église de la Nativité de Jean Baptiste existait déjà avant le XVIIe siècle. Dans la vie du vénérable Daniel de Pereslavl, il est mentionné qu'il a demandé au grand-duc Ivan Vassilievitch IV de restaurer l'ancienne église, ce qui indique son existence au début du XVIe siècle. Au XVIIe siècle, elle payait un impôt de quatre altyns en 1628, et en 1653, 1 rouble, 2 altyns et 2 deniers.

Sous Pierre le Grand, l'église de Znaménie de la Sainte Mère de Dieu était connue à Pereslavl, située "près des navires". Ce nom s'explique soit par la présence d'un chantier naval, soit par le stockage de navires sur la rive après le départ de Pierre le Grand de Pereslavl. Au début du XVIIIe siècle, l'église de Znaménie existait déjà à Pereslavl, que les livres patriarcaux et synodaux continuaient d'appeler la Nativité de Jean Baptiste jusqu'en 1746. Cette église en bois a été remplacée en 1788 par un temple en pierre, construit par la veuve de la major Anna Ivanovna Maslova. L'apparence et la décoration intérieure de l'église ont considérablement changé depuis. L'église possède deux autels : dans la partie froide en l'honneur de Znaménie de la Sainte Mère de Dieu, et dans la chapelle chaude en l'honneur de la Nativité de Jean Baptiste. L'église est richement dotée en ustensiles, en ornements, en icônes saintes et en livres liturgiques, certaines icônes étant ornées de chasubles en argent doré et de perles.

Les documents ecclésiastiques sont conservés intacts, y compris des copies des livres de métriques depuis 1795 et des listes de confession depuis 1800. Un clergé particulier existe à l'église depuis 1879 et se compose d'un prêtre et d'un psalmiste. Leur entretien est assuré par des intérêts provenant du capital du clergé, des revenus des services et des loyers de la boutique de l'église, totalisant environ 620 roubles par an. Des maisons ecclésiastiques sont disponibles pour le clergé. La terre de l'église mesure 458,5 sajenes, et 483 sajenes carrés ont été achetés en 1882. Il y a un capital de 1 000 roubles pour la réparation des maisons ecclésiastiques. L'église possède une boutique en bois, louée pour 102 roubles par an. La paroisse compte 43 hommes et 45 femmes, tous orthodoxes. Depuis 1863, une école paroissiale fonctionne à l'église, où 25 personnes étaient scolarisées en 1893.

L'église a été fermée en 1929 et démolie en 1935, à sa place un magasin de vin a été construit. En 1998, le magasin a été démoli, et à l'ancien emplacement, une nouvelle église de Znaménie a été érigée, consacrée en 2004. Le temple moderne est réalisé dans le style russe et se compose d'un carré à cinq coupoles, d'une salle de repas et d'un clocher à toit en tente. Le deuxième autel est dédié au Roi-Martyr et aux Nouveaux Martyrs russes.