In den patriarchalischen Aufzeichnungen wird die Znamenskirche unter den Kirchen von Pereslawl nicht erwähnt. Da jedoch alle Kirchen, die Kirchensteuer an die patriarchalische Kasse zahlten, aufgezeichnet werden mussten, ist es wahrscheinlich, dass die Znamenskirche unter einem anderen Namen aufgeführt ist. In den Aufzeichnungen von 1628 bis 1746 wird die heute nicht mehr existierende Kirche der Geburt des Johannes des Täufers in Pereslawl erwähnt. Einige der im 17. Jahrhundert verschwundenen Kirchen sind als Kapellen an anderen Kirchen erhalten geblieben, zum Beispiel die Kapelle des heiligen Apostels Philippus an der Uspenskirche. Angesichts der Tatsache, dass nur in der Znamenskirche eine Kapelle zu Ehren der Geburt des Johannes des Täufers existiert, kann man annehmen, dass unter diesem Namen die heutige Znamenskirche gemeint ist. Es ist bekannt, dass die Kirche der Geburt des Johannes des Täufers auch vor dem 17. Jahrhundert existierte. Im Leben des heiligen Daniil von Pereslawl wird erwähnt, dass er den Großfürsten Iwan Wassiljewitsch IV. bat, die alte Kirche wiederherzustellen, was auf ihre Existenz zu Beginn des 16. Jahrhunderts hinweist. Im 17. Jahrhundert zahlte sie 1628 vier Altyn an Steuern und 1653 1 Rubel 2 Altyn 2 Geld.

Zur Zeit Peters des Großen war in Pereslawl die Kirche der Znameniye der Heiligen Gottesmutter bekannt, die "bei den Schiffen" lag. Dieser Name erklärt sich entweder durch das Vorhandensein einer Werft oder durch die Lagerung von Schiffen am Ufer, nachdem Peter der Große Pereslawl verlassen hatte. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts existierte bereits die Znamenskirche in Pereslawl, die in den patriarchalischen und synodalen Aufzeichnungen bis 1746 weiterhin als Geburt des Johannes des Täufers bezeichnet wurde. Diese Holzkirche wurde 1788 durch einen steinernen Tempel ersetzt, der von der Witwe der Majorin Anna Ivanovna Maslova erbaut wurde. Das äußere Erscheinungsbild und die innere Ausstattung der Kirche haben sich seitdem erheblich verändert. In der Kirche gibt es zwei Altäre: im kalten Teil zu Ehren der Znameniye der Heiligen Gottesmutter und im warmen Teil zu Ehren der Geburt des Johannes des Täufers. Die Kirche ist reich ausgestattet mit liturgischen Geräten, Gewändern, heiligen Ikonen und liturgischen Büchern, einige Ikonen sind mit vergoldeten Silberrahmen und Perlen geschmückt.

Die kirchlichen Dokumente sind vollständig erhalten, einschließlich Kopien der metrischen Bücher seit 1795 und der Beichtlisten seit 1800. Eine besondere Gemeinde besteht seit 1879 und setzt sich aus einem Priester und einem Psalmodisten zusammen. Ihr Unterhalt wird durch Zinsen aus dem Gemeindekapital, Einnahmen aus den Gottesdiensten und Mieten aus dem Kirchenladen sichergestellt, insgesamt etwa 620 Rubel pro Jahr. Für die Gemeinde stehen Kirchenhäuser zur Verfügung. Das Land an der Kirche umfasst 458,5 Sazhen, 483 Quadrat-Sazhen wurden 1882 zusätzlich gekauft. Für die Reparatur der Kirchenhäuser gibt es ein Kapital von 1.000 Rubel. Der Kirche gehört ein Holzladen, der für 102 Rubel pro Jahr vermietet wird. In der Gemeinde sind 43 Männer und 45 Frauen registriert, alle orthodox. Seit 1863 gibt es an der Kirche eine kirchliche Schule, in der 1893 25 Personen unterrichtet wurden.

Die Kirche wurde 1929 geschlossen und 1935 abgerissen, an ihrer Stelle wurde ein Weingeschäft gebaut. 1998 wurde das Geschäft abgerissen, und an alter Stelle wurde eine neue Znamenskirche errichtet, die 2004 geweiht wurde. Der moderne Tempel ist im russischen Stil gestaltet und besteht aus einem fünfkuppeligen Quader, einer Trauungs- und einer Glockenstube. Der zweite Altar ist dem Märtyrer-König und den neuen russischen Märtyrern gewidmet.