En los libros patriarcales de cuentas no se menciona la iglesia de Znamenskaya entre las iglesias de Pereslavl. Sin embargo, dado que todas las iglesias que pagaban tributo eclesiástico al tesoro patriarcal debían ser registradas, es probable que la iglesia de Znamenskaya figure bajo otro nombre. En los libros de 1628 a 1746 se menciona la iglesia de la Natividad de Juan Bautista, que actualmente no existe en Pereslavl. Algunas de las iglesias del siglo XVII, que han desaparecido, se han conservado en forma de capillas en otras iglesias, por ejemplo, la del apóstol Felipe en la iglesia de la Asunción. Teniendo en cuenta que solo en la iglesia de Znamenskaya hay una capilla en honor a la Natividad de Juan Bautista, se puede suponer que bajo este nombre se refiere a la actual iglesia de Znamenskaya. Se sabe que la iglesia de la Natividad de Juan Bautista existía incluso antes del siglo XVII. En la vida del venerable Daniel de Pereslavl se menciona que pidió al gran príncipe Iván Vasílievich IV restaurar la antigua iglesia, lo que indica su existencia a principios del siglo XVI. En el siglo XVII, pagó tributo en 1628 de cuatro altyns con dinero, y en 1653, 1 rublo, 2 altyns y 2 dineros.

En tiempos de Pedro el Grande, en Pereslavl se conocía la iglesia de Znameni de la Santísima Virgen, ubicada 'junto a los barcos'. Este nombre se explica por la existencia de un astillero o por el almacenamiento de barcos en la costa después de que Pedro el Grande dejó Pereslavl. A principios del siglo XVIII, ya existía la iglesia de Znamenskaya en Pereslavl, que en los libros patriarcales y sinodales continuaba siendo llamada la Natividad de Juan Bautista hasta 1746. Esta iglesia de madera fue reemplazada en 1788 por un templo de piedra, construido por la viuda mayor Anna Ivanovna Maslova. La apariencia y la decoración interior de la iglesia han cambiado significativamente desde entonces. La iglesia tiene dos altares: en la parte fría en honor a Znameni de la Santísima Virgen, en la cálida capilla en honor a la Natividad de Juan Bautista. La iglesia está ricamente dotada de utensilios, vestimentas, íconos sagrados y libros de servicio, algunos íconos están adornados con vestimentas doradas de plata y perlas.

Los documentos eclesiásticos se conservan íntegros, incluyendo copias de los libros métricos desde 1795 y listas de confesiones desde 1800. Un clero especial existe en la iglesia desde 1879 y consiste en un sacerdote y un salmista. Su sustento se asegura con los intereses del capital del clero, ingresos de los servicios y alquiler de la tienda de la iglesia, en total alrededor de 620 rublos al año. Para el clero hay casas eclesiásticas. La tierra de la iglesia abarca 458,5 sazhen, se compraron 483 sazhen cuadrados más en 1882. Hay un capital de 1,000 rublos para la reparación de las casas eclesiásticas. La iglesia posee una tienda de madera, alquilada por 102 rublos al año. En la parroquia hay 43 hombres y 45 mujeres, todos ortodoxos. Desde 1863, hay una escuela parroquial en la iglesia, donde en 1893 estudiaban 25 personas.

La iglesia fue cerrada en 1929 y demolida en 1935, en su lugar se construyó una tienda de vinos. En 1998, la tienda fue desmantelada, y en el antiguo lugar se erigió una nueva iglesia de Znamenskaya, consagrada en 2004. El templo moderno está realizado en estilo ruso y consta de un cuadrado de cinco cúpulas, una refectorio y un campanario en forma de tienda. El segundo altar está dedicado al Rey-Mártir y a los Nuevos Mártires Rusos.