L'église des Douze Apôtres à Soudaque est située au pied de la montagne Palvani-Oba, près de la Tour du Port, également connue sous le nom de tour d'Astragver. Il y a des siècles, ici commençait l'ancienne ville de Sugdeia et son port inférieur. Les premiers établissements se trouvaient sur le flanc sud de la montagne de la Forteresse et en partie sur la montagne Palvani-Oba, près du port.

À l'origine, c'était un temple gréco-byzantin du prophète Élie. Le moment exact de sa construction est inconnu, mais il est supposé que des architectes arméniens ont érigé l'église des Douze Apôtres aux XIIe-XVe siècles pour la communauté grecque. L'église est réalisée dans le style byzantin avec des éléments d'architecture d'Asie Mineure et du Caucase. Elle est ornée d'incrustations en pierre avec des motifs et possède une abside pentagonale sur un fondement rectangulaire. La lumière pénètre dans l'église par trois fenêtres situées à l'est, au sud et à l'ouest. Dans le mur nord, il y a une niche, auparavant il y en avait deux. L'entrée de l'église se trouve du côté ouest.

Au XVIIe siècle, l'église a été détruite deux fois. Après la première destruction, une église plus petite a été construite sur ses fondations, qui est restée grecque. Après la seconde destruction, une église arménienne est apparue dans ses murs.

Le nom moderne de l'église provient de la fresque « La Cène », représentée sur ses murs. Cette fresque, qui a donné son nom à l'église, était en bon état avant la Seconde Guerre mondiale, mais maintenant ses contours sont presque invisibles.

Sur le plâtre conservé, des images de voiliers datant des XVe et début XVIIe siècles ont été trouvées, ce qui coïncide avec la période de fonctionnement de l'église.

Après la guerre, l'église était à l'abandon. Dans les années 1970, des tentatives de restauration ont été faites, mais elles n'ont pas abouti. Ce n'est qu'en 2006 que des travaux de restauration à grande échelle ont commencé grâce à l'initiative du musée « Forteresse de Soudaque » et du Réserve nationale « Sophia de Kiev ». La restauration a été financée par des sponsors, ce qui a permis de renouveler l'intérieur de l'église. Des artistes du centre de restauration de Kiev ont tenté de restaurer la fresque « La Cène » et ont ajouté de nouveaux ornements.

Au printemps 2009, l'église a été restaurée. Le 19 avril 2009, à Pâques, un service de prière a eu lieu ici. Le 24 mai, le jour des saints Cyrille et Méthode, un service solennel a été célébré en l'honneur de l'ouverture officielle de l'église.