Die Kirche der Zwölf Apostel in Sudak befindet sich am Fuße des Palvani-Oba-Berges, neben dem Hafen-Turm, der auch als Astragver-Turm bekannt ist. Vor vielen Jahrhunderten begann hier die alte Stadt Sugdeia und ihre untere Hafenstadt. Die ersten Siedlungen lagen am südlichen Hang des Festungsberges und teilweise am Palvani-Oba-Berg, in der Nähe des Hafens.

Ursprünglich war dies ein griechisch-byzantinischer Tempel des Propheten Elias. Der genaue Zeitpunkt seines Baus ist unbekannt, aber es wird angenommen, dass armenische Baumeister die Kirche der Zwölf Apostel im 12. bis 15. Jahrhundert für die griechische Gemeinde errichteten. Die Kirche ist im byzantinischen Stil mit Elementen der kleinasiatischen und kaukasischen Architektur gestaltet. Sie ist mit steinernen Einlagen mit Ornamenten verziert und hat eine fünfseitige Apsis auf einem rechteckigen Fundament. Licht dringt durch drei Fenster, die sich im Osten, Süden und Westen befinden, in die Kirche. In der Nordwand gibt es eine Nische, früher gab es zwei. Der Eingang zur Kirche befindet sich auf der Westseite.

Im 17. Jahrhundert wurde die Kirche zweimal zerstört. Nach der ersten Zerstörung wurde auf ihrem Fundament eine kleinere Kirche errichtet, die griechisch blieb. Nach der zweiten Zerstörung entstand in ihren Mauern die Armenische Kirche.

Den modernen Namen erhielt die Kirche durch das Fresko „Das letzte Abendmahl“, das an ihren Wänden dargestellt ist. Dieses Fresko, das der Kirche ihren Namen gab, war bis zum Großen Vaterländischen Krieg in gutem Zustand, aber jetzt sind seine Konturen kaum noch sichtbar.

Auf dem erhaltenen Putz wurden Darstellungen von Segelschiffen gefunden, die auf das 15. und den Beginn des 17. Jahrhunderts datiert werden, was mit dem Zeitraum der Funktion der Kirche übereinstimmt.

Nach dem Krieg war die Kirche verwahrlost. In den 1970er Jahren wurden Restaurierungsversuche unternommen, die jedoch nicht erfolgreich waren. Erst 2006 begannen umfangreiche Restaurierungsarbeiten auf Initiative des Museums „Sudak-Festung“ und des Nationalen Reservats „Sofia Kiewska“. Die Restaurierung wurde von Sponsoren finanziert, was es ermöglichte, das Innere der Kirche zu erneuern. Künstler des Kiewer Restaurierungszentrums versuchten, das Fresko „Das letzte Abendmahl“ wiederherzustellen und fügten neue Ornamente hinzu.

Bis zum Frühling 2009 war die Kirche restauriert. Am 19. April 2009, zu Ostern, fand hier ein festlicher Gottesdienst statt. Am 24. Mai, am Tag der Heiligen Kyrill und Methodius, wurde ein feierlicher Gottesdienst zur offiziellen Eröffnung der Kirche abgehalten.