Selon les livres des scribes de 1630, il existait à l'époque deux églises villageoises dans le cimetière de Yakhrenge. En 1760, la construction d'une église en pierre à deux étages a commencé grâce aux fonds de P. Kokovine. Le temple inférieur, chauffé, a été consacré en 1775 en l'honneur de Nicolas le Miracleux. Les travaux ont été réalisés à la demande du marchand M. I. Murogin avec le soutien de la communauté paroissiale sous la direction d'A. Shekhirev. Le principal autel de l'église supérieure a été consacré en 1781.

Le temple a été construit dans les meilleures traditions du baroque de Velikiy Ustyug du milieu du XVIIIe siècle. Le schéma volumétrique « de type réfectoire » a acquis une forme centrée, allongée selon l'axe ouest-est. La partie centrale est devenue un carré avec trois niveaux d'ouvertures, couronné par un grand octogone lumineux et un petit aveugle, servant de cou pour un petit dôme. La transition vers l'octogone était soutenue par des demi-dômes placés sur les axes des façades. À l'est, les masses de l'église augmentaient par une composition en gradins des absides de l'autel. À l'ouest, la réfectoire raccourcie, de la même longueur que l'abside supérieure, était complétée par un porche en bois avec des escaliers menant au deuxième étage. Les chapiteaux en majolique colorée, œuvres uniques des maîtres d'Ustyug, décoraient les pilastres de l'église.

Au début du XIXe siècle, à côté de l'église de l'Épiphanie, une cloche indépendante a été érigée, strictement selon son axe longitudinal. La base carrée à deux niveaux avec des demi-circles de frontons soutient un pilier octogonal avec des arcs de sonnerie dans la partie supérieure. La cloche est couronnée d'une flèche élancée avec un renflement en bas en forme de « boule », installée sur un socle allongé. L'architecte a réussi à préserver le rôle dominant de l'église et l'unité formelle de l'ensemble.

Lors de la construction de la cloche, des travaux de réparation ont été effectués sur le temple, à la suite desquels les façades ont reçu un nouveau revêtement dans le style classique. La profilage en brique des détails a été modifiée, de nouveaux éléments décoratifs, des chérubins en alabastre, des guirlandes en stuc et des balustres ont été ajoutés. La peinture d'origine a été remplacée par de l'ocre avec des détails blancs. À cette époque, le maître Tomilov a décoré l'intérieur de l'église supérieure. Les compositions d'autel « La Cène » et « La Descente du Saint-Esprit », réalisées grâce aux efforts de Y. F. Gribanov, ont été conservées.

En 1872, le bâtiment de l'église a été allongé, reliant la réfectoire à la cloche. Au premier étage, un escalier en pierre blanche à deux volées menant au temple d'été a été ajouté. Deux pièces adjacentes ont été aménagées en réserve et en sacristie. Le niveau inférieur de la cloche a été entouré de tentes : celle du sud a été réservée pour le caveau, celle du nord pour le gardien. Les entrées de l'église ont été décorées de porches couverts. Dans le temple inférieur, un troisième autel a été aménagé, consacré en 1874 en l'honneur de Zosima et Savvatiy, ce qui a été marqué par un petit tambour avec un dôme sur le versant nord du toit.

La prochaine grande réparation et la peinture dans le temple supérieur ont eu lieu en 1898 et 1902. Les travaux picturaux du maître I. V. Kalinovsky se sont terminés par la réconsécration de l'église le 8 septembre 1902. Des réparations extérieures ont été effectuées en 1904 : le toit a été recouvert et peint, les dômes et les crêtes ont été dorés, les façades ont été rénovées. Les travaux ont été réalisés par A. Samoilov et Y. S. Vereshchagin. Après l'incendie du 12 mai 1914, le temple supérieur a subi des dommages au chœur sculpté et à la peinture murale. Les travaux de restauration ont été réalisés par N. Z. Kapchenko d'août à octobre 1914.

En 1983, le bâtiment de l'église de l'Épiphanie a été déclaré monument d'architecture d'importance locale et a été placé sous protection. L'étude et le projet de restauration ont été réalisés par la coopérative « Restaurateur » en 1990-1991.