Le temple en bois des saints apôtres Pierre et Paul à Novinki a été construit dans les années 1560-1570, bien qu'il ait été initialement érigé plus tôt et non dans le faubourg de Novinki, mais dans la zone entre l'embouchure de la rivière Zolotukha et le bâtiment de l'école spirituelle de Vologda.

En 1772, à l'emplacement de l'ancienne église en bois délabrée, une église en pierre a été construite. Ce bâtiment de plain-pied dans le style baroque rappelait l'église froide de Vladimir. Le clocher, composé de prismes quadrangulaires et octogonaux, complétait harmonieusement l'ensemble architectural. Dans la décoration de l'église, des nouveautés sont apparues : des pilastres figurés et des encadrements en zigzag au-dessus des fenêtres. L'église comptait trois chapelles : celle de Nicolas le Miracleux, de Paul d'Obnorsk et de Cornile de Komelsky. La chapelle de Paul d'Obnorsk a probablement été consacrée en mémoire de l'église en bois du village de Kobyliino.

À proximité de l'église se trouvait une maison de l'État pour le clergé. Le temple était fréquenté non seulement par les habitants de Novinki, mais aussi par les patients de l'hôpital provincial, aujourd'hui hôpital n°1. En 1871, une église hospitalière a été rattachée au temple au nom de l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés ».

Le 6 avril 1930, le conseil municipal de Vologda a décidé de démolir les églises inadaptées à des fins culturelles. Une commission, composée de représentants de divers départements, a décidé de démolir également l'église Pierre et Paul. Cependant, les plans n'ont pas été réalisés, mais le bâtiment a perdu son achèvement et son clocher. 11 cloches pesant au total plus de 115 pouds ont été confisquées et envoyées à la refonte.

En 1937, l'ancienne église a été transformée en usine de beurre, et dans l'après-guerre, en atelier de pâtes de la boulangerie n°1. Après l'incendie de 1990, lorsque les voûtes de la salle à manger se sont effondrées, le bâtiment n'a pas été utilisé et s'est progressivement détérioré.

Par décret du Président de la Fédération de Russie, l'église Pierre et Paul, datant du troisième quart du XVIIIe siècle, a été reconnue comme un objet du patrimoine culturel d'importance fédérale.

À la fin des années 1990, des discussions ont commencé sur la restauration de l'église près de l'hôpital municipal. Au début des années 2000, le temple a été rattaché à l'église de la Protection à Kozlene, mais la communauté n'avait pas de fonds pour la restauration. Les travaux ont commencé en 2008 à l'initiative de l'entrepreneur P.A. Vasev. En octobre, des représentants de diverses organisations ont organisé une journée de nettoyage du territoire. Avant le début des travaux, le prêtre de l'église de la Protection à Kozlene, Valery Burkov, a célébré un service.

Le projet de restauration, élaboré par l'architecte Elena Nikitina, a été approuvé par le Département de la culture et le Conseil diocésain. Au cours des trois premières années, la chapelle a été restaurée, le clocher partiellement reconstruit et le coffrage pour la voûte au-dessus de la salle à manger a été réalisé. Les travaux de restauration de la voûte en briques et du toit se poursuivent. Dans les prochaines années, il est prévu de reprendre les services religieux dans la partie restaurée de l'église.