Die hölzerne Kirche der heiligen Apostel Peter und Paul in Nowinki wurde in den 1560er und 1570er Jahren erbaut, obwohl sie ursprünglich früher und nicht im Nowinkisiedlung, sondern im Gebiet zwischen der Mündung des Flusses Zolotukha und dem Gebäude der Wologda Geistlichen Schule errichtet wurde.

Im Jahr 1772 wurde anstelle der baufälligen Holzkirche eine steinerne Kirche erbaut. Dieses einstöckige Gebäude im Barockstil erinnerte an die Wladimirer kalte Kirche. Der Glockenturm, bestehend aus einer quadratischen und einer achteckigen Pyramide, vervollständigte harmonisch das architektonische Ensemble. In der Ausstattung der Kirche gab es Neuerungen: figürliche Pilaster und zickzackförmige Fensterrahmen. Die Kirche hatte drei Altäre: den von Nikolaus dem Wundertäter, den von Paul von Obnorsk und den von Kornilius von Komelsk. Der Altar von Paul von Obnorsk wurde wahrscheinlich zur Erinnerung an die Holzkirche des Dorfes Kobyliino geweiht.

Neben der Kirche befand sich ein staatliches Haus für den Klerus. Die Kirche wurde nicht nur von den Bewohnern von Nowinki besucht, sondern auch von den Patienten des Provinzlandkrankenhauses, heute Stadtkrankenhaus Nr. 1. Im Jahr 1871 wurde der Kirche eine Krankenhauskapelle im Namen der Ikone der Gottesmutter „Freude aller Trauernden“ zugeordnet.

Am 6. April 1930 beschloss der Wologda Stadtrat, Kirchen abzureißen, die für kulturelle Zwecke ungeeignet waren. Eine Kommission, bestehend aus Vertretern verschiedener Behörden, beschloss, auch die Peter-Pauls-Kirche abzureißen. Die Pläne wurden jedoch nicht umgesetzt, aber das Gebäude verlor seine Vollendung und den Glockenturm. 11 Glocken mit einem Gesamtgewicht von über 115 Pud wurden beschlagnahmt und zur Einschmelzung geschickt.

Im Jahr 1937 wurde in der ehemaligen Kirche eine Butterfabrik untergebracht, und in der Nachkriegszeit eine Nudelproduktion der Brotproduktion Nr. 1. Nach dem Brand im Jahr 1990, als die Gewölbe der Speisehalle einstürzten, wurde das Gebäude nicht mehr genutzt und zerfiel allmählich.

Durch einen Erlass des Präsidenten der Russischen Föderation wurde die Kirche von Peter und Paul, datiert auf das dritte Viertel des 18. Jahrhunderts, als Objekt des kulturellen Erbes von föderaler Bedeutung anerkannt.

Ende der 1990er Jahre begannen Gespräche über die Wiederherstellung der Kirche beim städtischen Krankenhaus. Zu Beginn der 2000er Jahre wurde die Kirche der Schutzmantelkirche auf Kosslen zugeordnet, aber die Gemeinde hatte keine Mittel für die Wiederherstellung. Die Arbeiten begannen 2008 auf Initiative des Unternehmers P.A. Wasew. Im Oktober führten Vertreter verschiedener Organisationen einen Arbeitseinsatz zur Reinigung des Geländes durch. Vor Beginn der Arbeiten hielt der Priester der Schutzmantelkirche auf Kosslen, Walerij Burkow, einen Gottesdienst.

Das Restaurierungsprojekt, das von der Architektin Elena Nikitina entwickelt wurde, wurde vom Kulturministerium und dem Diözesanrat genehmigt. In den ersten drei Jahren wurden der Altar, teilweise der Glockenturm und die Schalung für das Gewölbe über der Speisehalle wiederhergestellt. Die Arbeiten zur Wiederherstellung des Ziegelgewölbes und des Daches dauern an. In den kommenden Jahren ist die Wiederaufnahme der Gottesdienste im restaurierten Teil der Kirche geplant.